More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0311 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  100 
 
 		 374 aa  739    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  74.46 
 
 		 374 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  73.39 
 
 		 374 aa  545  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  68.9 
 
 		 409 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  56.84 
 
 		 391 aa  404  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  59.25 
 
 		 384 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  58.71 
 
 		 387 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  58.71 
 
 		 384 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.76 
 
 		 412 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  51.62 
 
 		 379 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  52.03 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  51.35 
 
 		 378 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  51.08 
 
 		 378 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  52.83 
 
 		 379 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.34 
 
 		 382 aa  342  9e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  50.95 
 
 		 378 aa  339  4e-92  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.4 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  49.06 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.73 
 
 		 385 aa  328  7e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  50 
 
 		 384 aa  328  9e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.46 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  51.47 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  50.14 
 
 		 384 aa  324  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  51.37 
 
 		 378 aa  315  6e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  49.6 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  48.91 
 
 		 403 aa  289  7e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  47.54 
 
 		 368 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  46.99 
 
 		 363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  49.18 
 
 		 356 aa  282  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  43.72 
 
 		 375 aa  280  3e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  46.98 
 
 		 363 aa  278  9e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  46.03 
 
 		 375 aa  272  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  45.81 
 
 		 357 aa  272  7e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  46.56 
 
 		 392 aa  262  6.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  42.66 
 
 		 361 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.5 
 
 		 384 aa  249  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  47.43 
 
 		 369 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  44.35 
 
 		 358 aa  242  7.999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  46.2 
 
 		 357 aa  237  2e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  42.39 
 
 		 373 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.89 
 
 		 379 aa  216  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  31.37 
 
 		 372 aa  172  7.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.68 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  30.19 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.23 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.18 
 
 		 386 aa  132  7.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.39 
 
 		 376 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.39 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.68 
 
 		 372 aa  126  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.85 
 
 		 392 aa  125  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.22 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  28.97 
 
 		 372 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  29.06 
 
 		 369 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  26.12 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.61 
 
 		 375 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.27 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.77 
 
 		 369 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  26.26 
 
 		 366 aa  119  6e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.22 
 
 		 377 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 		 382 aa  119  7.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  26.4 
 
 		 359 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.26 
 
 		 373 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.18 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  29 
 
 		 338 aa  119  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.67 
 
 		 370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.48 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  32.36 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  32.36 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  28.29 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  27.76 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  27.64 
 
 		 373 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.05 
 
 		 377 aa  113  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.38 
 
 		 362 aa  113  6e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.48 
 
 		 367 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  28.65 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  28.65 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  28 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  32.17 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.26 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.02 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.29 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  28 
 
 		 367 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  27.97 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  28.98 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.25 
 
 		 360 aa  111  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28 
 
 		 361 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  28.98 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  28.38 
 
 		 361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  31.79 
 
 		 401 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  28 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  27.03 
 
 		 359 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  28.16 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  28.97 
 
 		 370 aa  109  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  26.69 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  26.35 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  26.35 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  26.35 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 		 372 aa  109  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.9 
 
 		 360 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>