More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0962 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 418 aa  825    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  76.19 
 
 		 403 aa  579  1e-164  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  76.41 
 
 		 405 aa  579  1e-164  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  71.57 
 
 		 407 aa  545  1e-154  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  63.06 
 
 		 495 aa  465  9.999999999999999e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  62.78 
 
 		 480 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  62.5 
 
 		 495 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  62.75 
 
 		 493 aa  456  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  64.37 
 
 		 488 aa  456  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  57.45 
 
 		 481 aa  456  1e-127  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  62.18 
 
 		 492 aa  455  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  63.69 
 
 		 487 aa  455  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  63.71 
 
 		 487 aa  455  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  62.88 
 
 		 500 aa  457  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  55.98 
 
 		 493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  61.64 
 
 		 479 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  62.18 
 
 		 481 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  61.64 
 
 		 479 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  61.64 
 
 		 479 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  62.18 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  60.48 
 
 		 488 aa  449  1e-125  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  62.46 
 
 		 492 aa  448  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  54.52 
 
 		 485 aa  451  1e-125  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  62.82 
 
 		 499 aa  448  1e-125  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  63.1 
 
 		 490 aa  450  1e-125  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  62.68 
 
 		 490 aa  449  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  62.54 
 
 		 493 aa  449  1e-125  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  61.34 
 
 		 485 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  61.67 
 
 		 492 aa  447  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  62.54 
 
 		 496 aa  445  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  59.73 
 
 		 515 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  59.63 
 
 		 491 aa  444  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  62.82 
 
 		 488 aa  444  1e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  59.63 
 
 		 491 aa  444  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  62.54 
 
 		 485 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  62.25 
 
 		 496 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  60.51 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  64.86 
 
 		 493 aa  437  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  64.86 
 
 		 493 aa  438  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  60.45 
 
 		 427 aa  429  1e-119  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  63.35 
 
 		 505 aa  429  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  63.2 
 
 		 529 aa  428  1e-119  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  57.78 
 
 		 500 aa  422  1e-117  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  63.35 
 
 		 507 aa  414  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  63.47 
 
 		 411 aa  379  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.14 
 
 		 736 aa  342  5.999999999999999e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.14 
 
 		 676 aa  334  1e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  51.22 
 
 		 672 aa  333  3e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  48.8 
 
 		 677 aa  333  4e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  50.44 
 
 		 654 aa  331  1e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  48.68 
 
 		 678 aa  326  6e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  45.43 
 
 		 597 aa  301  1e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  44.58 
 
 		 661 aa  299  6e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.07 
 
 		 400 aa  297  2e-79  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  46.55 
 
 		 560 aa  296  5e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  43.52 
 
 		 720 aa  295  1e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  44.05 
 
 		 557 aa  295  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  45.15 
 
 		 560 aa  293  5e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  41.44 
 
 		 573 aa  292  8e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  41.14 
 
 		 411 aa  291  1e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  45.13 
 
 		 561 aa  289  6e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 568 aa  289  7e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 568 aa  289  7e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 568 aa  289  7e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.55 
 
 		 403 aa  288  9e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  43.79 
 
 		 558 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  44.48 
 
 		 566 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  45.97 
 
 		 557 aa  287  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 		 560 aa  287  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  43.1 
 
 		 574 aa  285  9e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  41 
 
 		 577 aa  285  9e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  43.43 
 
 		 570 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  42.25 
 
 		 557 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  41.55 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  45.37 
 
 		 556 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  45.37 
 
 		 556 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  42.81 
 
 		 577 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 		 558 aa  283  5.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  44.78 
 
 		 558 aa  283  5.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  44.6 
 
 		 561 aa  283  5.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 		 551 aa  283  5.000000000000001e-75  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  43.95 
 
 		 555 aa  283  6.000000000000001e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  41.64 
 
 		 559 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  42.09 
 
 		 558 aa  282  8.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  42.65 
 
 		 416 aa  282  8.000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  43.37 
 
 		 569 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  42.81 
 
 		 558 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 596 aa  281  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  38.97 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  45.78 
 
 		 569 aa  280  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  45.78 
 
 		 569 aa  280  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  42.11 
 
 		 604 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.48 
 
 		 415 aa  280  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  40.8 
 
 		 592 aa  280  3e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  43.98 
 
 		 573 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  43.07 
 
 		 569 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  39.94 
 
 		 592 aa  280  3e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.44 
 
 		 672 aa  280  3e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  43.98 
 
 		 558 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  41.36 
 
 		 571 aa  280  4e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>