More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0200 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  63.78 
 
 		 575 aa  706    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  91.94 
 
 		 558 aa  1035    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  70.92 
 
 		 571 aa  796    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  69.27 
 
 		 566 aa  766    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  69.6 
 
 		 569 aa  795    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  67.79 
 
 		 565 aa  778    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  68.15 
 
 		 569 aa  726    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  66.67 
 
 		 582 aa  770    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  66.07 
 
 		 566 aa  754    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  69.55 
 
 		 569 aa  793    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  67.79 
 
 		 567 aa  784    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4030  30S ribosomal protein S1  68.16 
 
 		 567 aa  753    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  68.54 
 
 		 570 aa  778    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  86.89 
 
 		 561 aa  983    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4360  30S ribosomal protein S1  68.16 
 
 		 567 aa  751    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294177  hitchhiker  0.00911055 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  69.49 
 
 		 569 aa  790    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  69.27 
 
 		 566 aa  766    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  70.38 
 
 		 569 aa  780    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  86.89 
 
 		 561 aa  983    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  65.34 
 
 		 573 aa  743    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  69.12 
 
 		 566 aa  766    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  68.17 
 
 		 565 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  67.61 
 
 		 566 aa  748    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  68.45 
 
 		 568 aa  751    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  87.68 
 
 		 558 aa  981    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  68.21 
 
 		 570 aa  780    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  67.08 
 
 		 565 aa  775    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  67.79 
 
 		 565 aa  775    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  68.9 
 
 		 566 aa  789    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  68.34 
 
 		 573 aa  748    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  86.89 
 
 		 561 aa  986    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 558 aa  1113    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  65.43 
 
 		 570 aa  711    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  66 
 
 		 571 aa  746    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  68.95 
 
 		 570 aa  783    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  68.03 
 
 		 569 aa  751    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  69.48 
 
 		 566 aa  770    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  68.95 
 
 		 570 aa  783    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  66.9 
 
 		 577 aa  785    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2456  30S ribosomal protein S1  64.36 
 
 		 569 aa  717    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  87.77 
 
 		 571 aa  988    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  52.71 
 
 		 570 aa  577  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  564  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 557 aa  558  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  51.18 
 
 		 556 aa  560  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  51 
 
 		 556 aa  560  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  50.09 
 
 		 555 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  50.64 
 
 		 555 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 557 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 557 aa  556  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 557 aa  556  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  51.78 
 
 		 559 aa  555  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 565 aa  556  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  49.91 
 
 		 555 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2668  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 557 aa  555  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  50.66 
 
 		 557 aa  552  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  50.27 
 
 		 556 aa  553  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1955  30S ribosomal protein S1  49.46 
 
 		 557 aa  551  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000132161  normal  0.358522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  49.91 
 
 		 555 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  49.91 
 
 		 555 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  51.12 
 
 		 555 aa  554  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2580  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 557 aa  555  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000500826  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  49.91 
 
 		 555 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  49.73 
 
 		 555 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  48.92 
 
 		 559 aa  550  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 		 555 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 		 555 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  48.74 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  48.74 
 
 		 569 aa  550  1e-155  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  50.56 
 
 		 555 aa  550  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 		 555 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 		 555 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  50.37 
 
 		 556 aa  548  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  50.82 
 
 		 555 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  50.66 
 
 		 555 aa  543  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  49.28 
 
 		 558 aa  544  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  49.1 
 
 		 558 aa  543  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  51.04 
 
 		 555 aa  544  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 558 aa  542  1e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 556 aa  543  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  49.63 
 
 		 563 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  46.56 
 
 		 557 aa  539  9.999999999999999e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  48.3 
 
 		 563 aa  538  9.999999999999999e-153  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  48.66 
 
 		 576 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  46.84 
 
 		 560 aa  536  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  47.58 
 
 		 562 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>