249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0062 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
489 aa  951    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00830  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  56.02 
 
 
470 aa  257  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.095681  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4220  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.87 
 
 
2330 aa  200  6e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.184212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6377  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.47 
 
 
892 aa  199  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0803  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.32 
 
 
831 aa  195  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4612  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.98 
 
 
943 aa  189  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0211251  normal  0.677149 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0480  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.2 
 
 
1321 aa  183  6e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0206  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.73 
 
 
1441 aa  180  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1702  sigma-70 region 2 domain-containing protein  44.54 
 
 
466 aa  177  5e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0293007  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34250  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.34 
 
 
850 aa  162  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.137913 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06010  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  38.69 
 
 
828 aa  159  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.224192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.57 
 
 
531 aa  147  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158878 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0395  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.21 
 
 
801 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0182  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  38.84 
 
 
825 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0296  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.52 
 
 
512 aa  137  6.0000000000000005e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.166156  normal  0.0803508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5166  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.84 
 
 
505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0248944 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.46 
 
 
193 aa  78.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000532902  normal  0.0202678 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33310  hypothetical protein  26.75 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0794  sigma-24 (FecI-like)  29.07 
 
 
285 aa  70.1  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0839  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.74 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.378315  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0842  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
288 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0846  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.3 
 
 
292 aa  66.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.99 
 
 
666 aa  65.1  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  31.69 
 
 
249 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  32.77 
 
 
239 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.27 
 
 
192 aa  61.6  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08330  hypothetical protein  27.8 
 
 
263 aa  60.1  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0824478 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
174 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.27 
 
 
529 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1095  collagen adhesion protein  39 
 
 
2272 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.22 
 
 
694 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
174 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14647  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  42.35 
 
 
203 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
199 aa  57  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  28.49 
 
 
193 aa  57  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  57  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  57  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3047  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.98 
 
 
188 aa  57  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.495668  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
199 aa  56.2  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  42.35 
 
 
203 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
199 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
199 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.89 
 
 
199 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.94 
 
 
222 aa  56.6  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.94 
 
 
198 aa  56.2  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.11 
 
 
199 aa  56.6  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
392 aa  56.6  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  38.68 
 
 
189 aa  56.6  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.96 
 
 
208 aa  55.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  31.09 
 
 
182 aa  55.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  55.1  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  54.7  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  39.56 
 
 
203 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.15 
 
 
215 aa  54.3  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.82 
 
 
310 aa  54.3  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.34 
 
 
184 aa  54.3  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0235  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  40.22 
 
 
184 aa  54.3  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.02 
 
 
191 aa  53.9  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  53.9  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
199 aa  53.9  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 
235 aa  53.5  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.02 
 
 
199 aa  53.1  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.16 
 
 
200 aa  53.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00392264 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3124  RNA polymerase, sigma-E factor  25.25 
 
 
214 aa  52.4  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00674158  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0947  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.89 
 
 
240 aa  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.941879  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.84 
 
 
173 aa  52.4  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.722977  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0489  sigma-70 region 2 domain-containing protein  29.94 
 
 
266 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.24 
 
 
311 aa  52.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0546  RNA polymerase sigma factor  30.9 
 
 
215 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.86 
 
 
189 aa  52  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  34.29 
 
 
203 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  39.78 
 
 
189 aa  51.2  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0230  RNA polymerase sigma factor  40.43 
 
 
202 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  33.73 
 
 
220 aa  51.2  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0241  RNA polymerase sigma factor  42.55 
 
 
202 aa  51.6  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.421712  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.17 
 
 
190 aa  51.2  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6609  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.01 
 
 
180 aa  50.8  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0795  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.86 
 
 
177 aa  50.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.782142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4210  collagen adhesion protein  36.36 
 
 
2179 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.950826  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8330  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
282 aa  50.8  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00407021  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.32 
 
 
182 aa  50.8  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.66 
 
 
199 aa  50.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  30.29 
 
 
200 aa  50.8  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.66 
 
 
199 aa  50.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  25.15 
 
 
183 aa  50.4  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1198  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.81 
 
 
180 aa  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.203088  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.52 
 
 
208 aa  50.1  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  49.7  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.98 
 
 
214 aa  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4381  RNA polymerase sigma factor  29.07 
 
 
250 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.566975 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  39.78 
 
 
189 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  34.26 
 
 
207 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1071  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.19 
 
 
188 aa  50.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.553697 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3917  RNA polymerase sigma factor  29.65 
 
 
250 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.07 
 
 
206 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>