4555 genes were found for organism Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 46    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Rfer_0001  CDS  NC_007908  1419  1413  chromosomal replication initiation protein  YP_521294  unclonable  8.52444e-07  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0002  CDS  NC_007908  1515  2618  1104  DNA polymerase III, beta subunit  YP_521295  hitchhiker  7.44787e-06  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0003  CDS  NC_007908  2723  5335  2613  DNA gyrase, B subunit  YP_521296  normal  0.41249  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0004  CDS  NC_007908  5397  5825  429  signal-transduction protein  YP_521297  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0005  CDS  NC_007908  6309  7871  1563  diguanylate cyclase  YP_521298  normal  0.379493  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0006  CDS  NC_007908  7888  8466  579  NnrU  YP_521299  normal  0.23902  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0007  CDS  NC_007908  8487  11159  2673  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_521300  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0008  CDS  NC_007908  11152  11364  213  hypothetical protein  YP_521301  normal  0.301477  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0009  CDS  NC_007908  11364  12215  852  integral membrane protein  YP_521302  normal  0.191887  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0010  CDS  NC_007908  12308  12673  366  glutaredoxin  YP_521303  normal  0.0301655  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0011  CDS  NC_007908  12743  13288  546  hypothetical protein  YP_521304  hitchhiker  0.00169291  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0012  CDS  NC_007908  13460  14371  912  recombination associated protein  YP_521305  hitchhiker  1.67739e-05  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0013  CDS  NC_007908  14571  15326  756  GntR family transcriptional regulator  YP_521306  unclonable  5.01062e-08  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
 
Rfer_0014  CDS  NC_007908  15516  16868  1353  fumarate lyase  YP_521307  unclonable  3.53189e-07  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0015  CDS  NC_007908  16906  18333  1428  anion transporter  YP_521308  hitchhiker  0.00186698  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0016  CDS  NC_007908  18731  19351  621  TetR family transcriptional regulator  YP_521309  normal  0.951687  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0017  CDS  NC_007908  19454  20614  1161  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_521310  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0018  CDS  NC_007908  20653  21687  1035  zinc-binding alcohol dehydrogenase  YP_521311  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0019  CDS  NC_007908  21742  22434  693  ThiJ/PfpI  YP_521312  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0020  CDS  NC_007908  22508  23584  1077  hypothetical protein  YP_521313  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0021  CDS  NC_007908  23634  23831  198  hypothetical protein  YP_521314  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0022  CDS  NC_007908  23927  24616  690  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_521315  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0023  CDS  NC_007908  24678  25397  720  MerR family transcriptional regulator  YP_521316  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0024  CDS  NC_007908  25444  27717  2274  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_521317  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0025  CDS  NC_007908  27784  28506  723  hypothetical protein  YP_521318  normal  0.639222  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0026  CDS  NC_007908  28503  29048  546  hypothetical protein  YP_521319  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0027  CDS  NC_007908  29130  29516  387  hypothetical protein  YP_521320  normal  0.784882  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0028  CDS  NC_007908  29673  32813  3141  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  YP_521321  normal  0.77996  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0029  CDS  NC_007908  32826  33959  1134  hypothetical protein  YP_521322  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0030  CDS  NC_007908  33956  35299  1344  restriction modification system DNA specificity subunit  YP_521323  normal  0.539395  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0031  CDS  NC_007908  35292  36422  1131  hypothetical protein  YP_521324  normal  0.419729  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0032  CDS  NC_007908  36476  38110  1635  N-6 DNA methylase  YP_521325  normal  0.885751  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0033  CDS  NC_007908  38073  38348  276  hypothetical protein  YP_521326  normal  0.520432  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0034  CDS  NC_007908  38578  38838  261  cell division topological specificity factor MinE  YP_521327  normal  0.748014  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0035  CDS  NC_007908  38843  39658  816  septum site-determining protein MinD  YP_521328  normal  0.253423  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0036  CDS  NC_007908  39734  40519  786  septum site-determining protein MinC  YP_521329  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0037  CDS  NC_007908  41353  42753  1401  tetratricopeptide TPR_2  YP_521330  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0038  CDS  NC_007908  42750  43217  468  cytochrome C biogenesis protein  YP_521331  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0039  CDS  NC_007908  43214  43738  525  periplasmic protein thiol  YP_521332  normal  0.564331  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0040  CDS  NC_007908  43735  45708  1974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_521333  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0041  CDS  NC_007908  45719  46162  444  CcmE/CycJ protein  YP_521334  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0042  CDS  NC_007908  46159  46338  180  Heme exporter protein D (CcmD)  YP_521335  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0043  CDS  NC_007908  46325  47065  741  heme exporter protein CcmC  YP_521336  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0044  CDS  NC_007908  47062  47745  684  heme exporter protein CcmB  YP_521337  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0045  CDS  NC_007908  47742  48374  633  heme exporter protein CcmA  YP_521338  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0046  CDS  NC_007908  48665  49135  471  cytochrome c family protein, putative  YP_521339  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0047  CDS  NC_007908  49239  49847  609  glutathione S-transferase-like  YP_521340  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0048  CDS  NC_007908  50035  51486  1452  aldehyde dehydrogenase  YP_521341  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0049  CDS  NC_007908  51689  53728  2040  tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme GidA  YP_521342  normal  0.212123  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0050  CDS  NC_007908  53728  54402  675  16S rRNA methyltransferase GidB  YP_521343  normal  0.368551  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0051  CDS  NC_007908  54656  55441  786  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  YP_521344  normal  0.0497583  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0052  CDS  NC_007908  55517  56152  636  hypothetical protein  YP_521345  normal  0.646414  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0053  CDS  NC_007908  56171  57112  942  parB-like partition proteins  YP_521346  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0054  CDS  NC_007908  57198  57941  744  methyltransferase type 12  YP_521347  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0055  CDS  NC_007908  58043  58789  747  metal dependent phosphohydrolase  YP_521348  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0056  CDS  NC_007908  58963  60168  1206  putative lipoprotein  YP_521349  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0057  CDS  NC_007908  60184  60690  507  hypothetical protein  YP_521350  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0058  CDS  NC_007908  60804  61241  438  TPR repeat-containing protein  YP_521351  normal  0.393003  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0059  CDS  NC_007908  61322  62839  1518  hypothetical protein  YP_521352  normal  0.811122  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0060  CDS  NC_007908  62970  63674  705  Crp/FNR family transcriptional regulator  YP_521353  normal  0.237094  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0061  CDS  NC_007908  63721  64143  423  phenylacetic acid degradation-related protein  YP_521354  normal  0.518307  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0062  CDS  NC_007908  64247  65950  1704  acyl-CoA dehydrogenase-like  YP_521355  normal  0.541142  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0063  CDS  NC_007908  66180  66437  258  hypothetical protein  YP_521356  normal  0.807854  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0064  CDS  NC_007908  66445  68331  1887  ferrous iron transport protein B  YP_521357  normal  0.956131  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0065  CDS  NC_007908  68336  68626  291  hypothetical protein  YP_521358  normal  0.431572  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0066  CDS  NC_007908  68690  69757  1068  putative ammonia monooxygenase  YP_521359  normal  0.599313  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0067  CDS  NC_007908  69848  70219  372  hypothetical protein  YP_521360  normal  0.667095  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0068  CDS  NC_007908  70250  70840  591  putative lipoprotein transmembrane  YP_521361  normal  0.971591  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0069  CDS  NC_007908  70953  72239  1287  uracil-xanthine permease  YP_521362  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0070  CDS  NC_007908  72547  72801  255  17 kDa surface antigen  YP_521363  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0071  CDS  NC_007908  72818  73465  648  hypothetical protein  YP_521364  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0072  CDS  NC_007908  73485  73958  474  17 kDa surface antigen  YP_521365  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0073  CDS  NC_007908  73992  74582  591  transport-associated  YP_521366  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0074  CDS  NC_007908  74835  75050  216  hypothetical protein  YP_521367  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0075  CDS  NC_007908  75237  76511  1275  hypothetical protein  YP_521368  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0076  CDS  NC_007908  76523  77026  504  CinA-like  YP_521369  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0077  CDS  NC_007908  77023  77604  582  phosphatidylglycerophosphatase A  YP_521370  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0078  CDS  NC_007908  77643  79031  1389  phospholipase D/transphosphatidylase  YP_521371  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0079  CDS  NC_007908  79028  81037  2010  AsmA  YP_521372  normal  0.178612  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0080  CDS  NC_007908  81242  81565  324  collagen triple helix protein  YP_521373  hitchhiker  5.87226e-05  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0081  CDS  NC_007908  81897  82316  420  hypothetical protein  YP_521374  hitchhiker  2.06374e-06  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0082  CDS  NC_007908  82418  83161  744  hypothetical protein  YP_521375  hitchhiker  0.000224621  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0083    NC_007908  83166  84864  1699      normal  0.0118321  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0084  CDS  NC_007908  84980  85756  777  ferredoxin--NADP(+) reductase  YP_521376  normal  0.016059  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0085  CDS  NC_007908  85846  86664  819  nucleotidyl transferase  YP_521377  normal  0.420165  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0086  CDS  NC_007908  86684  88093  1410  peptidase M24  YP_521378  normal  0.875137  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0087  CDS  NC_007908  88135  88647  513  thiol-disulfide isomerase-like protein  YP_521379  normal  0.653321  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0088  CDS  NC_007908  88705  91500  2796  pyruvate phosphate dikinase  YP_521380  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0089  CDS  NC_007908  91596  92597  1002  proline iminopeptidase  YP_521381  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0090  CDS  NC_007908  92806  93288  483  rubrerythrin  YP_521382  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0091  CDS  NC_007908  93415  93579  165  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  YP_521383  normal  0.94635  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0092  CDS  NC_007908  93595  94899  1305  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_521384  normal  0.748623  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0093  CDS  NC_007908  94994  97303  2310  malic enzyme  YP_521385  normal  0.351367  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0094  CDS  NC_007908  97461  97853  393  guanine-specific ribonuclease N1 and T1  YP_521386  normal  0.162005  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0095  CDS  NC_007908  97888  98337  450  hypothetical protein  YP_521387  normal  0.257379  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0096  CDS  NC_007908  98638  99423  786  dimethyladenosine transferase  YP_521388  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0097  CDS  NC_007908  99450  100829  1380  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_521389  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0098  CDS  NC_007908  100836  103235  2400  organic solvent tolerance protein  YP_521390  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0099  CDS  NC_007908  103322  104410  1089  aminoglycoside phosphotransferase  YP_521391  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Rfer_0100  CDS  NC_007908  104452  104991  540  hypothetical protein  YP_521392  normal  n/a    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 46    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>