More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0058 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0058  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
145 aa  296  6e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.393003  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  38.3 
 
 
614 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  38.3 
 
 
626 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  38.3 
 
 
614 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  37.23 
 
 
626 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  37.23 
 
 
614 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  37.23 
 
 
614 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  37.23 
 
 
614 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4604  protein kinase  30.43 
 
 
545 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.11 
 
 
784 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  34.02 
 
 
878 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3148  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.98 
 
 
249 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000145051  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2948  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.98 
 
 
249 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 
808 aa  55.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0243  TPR repeat-containing protein  31.68 
 
 
208 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.127552  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  34.38 
 
 
626 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.02 
 
 
810 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 
409 aa  53.9  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  28.12 
 
 
267 aa  53.9  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1947  tetratricopeptide TPR_2  28.87 
 
 
564 aa  53.1  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0106408 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3267  glycosyl transferase family 2  25.69 
 
 
1252 aa  52  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  32.38 
 
 
1406 aa  52  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.11 
 
 
632 aa  51.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  31.03 
 
 
1022 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2854  glycosyl transferase family 2  26.73 
 
 
1252 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.956112  normal  0.0955707 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1793  TPR repeat-containing protein  25.38 
 
 
213 aa  51.2  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5618  SPINDLY family O-linked N-acetylglucosamine transferase  33.33 
 
 
739 aa  51.2  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.645263 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  31.68 
 
 
288 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
3145 aa  50.8  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0451  TPR repeat-containing protein  33.98 
 
 
574 aa  51.2  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.871153  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  30.85 
 
 
818 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2091  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.59 
 
 
212 aa  50.8  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2410  TPR repeat-containing protein  26.97 
 
 
648 aa  50.8  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3772  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 
208 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2822  TPR repeat-containing protein  34.88 
 
 
257 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0678  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 
1073 aa  50.8  0.000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  30.63 
 
 
1737 aa  50.4  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1350  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 
766 aa  50.4  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0082  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.27 
 
 
208 aa  50.4  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.146117  hitchhiker  0.00321946 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0278  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.9 
 
 
207 aa  50.4  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000289042  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  29.59 
 
 
266 aa  49.7  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  24.77 
 
 
409 aa  50.1  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0121  TPR repeat-containing protein  29 
 
 
732 aa  50.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.261868  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3295  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 
311 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40924  predicted protein  28.71 
 
 
375 aa  50.1  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.458934  normal  0.213634 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  26.5 
 
 
248 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3005  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
1096 aa  50.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000321187 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0304  TPR repeat-containing protein  33.77 
 
 
324 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000296078  hitchhiker  0.00226693 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1943  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.25 
 
 
917 aa  50.1  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0509436 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2537  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.66 
 
 
850 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  27.91 
 
 
375 aa  48.9  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0116  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 
207 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.266905 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  25.49 
 
 
643 aa  49.3  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0275  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 
587 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
392 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 
927 aa  48.5  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  27.71 
 
 
1979 aa  48.5  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1834  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 
593 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2749  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 
615 aa  48.5  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1770  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 
173 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.437465  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  31.11 
 
 
576 aa  48.5  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  30.63 
 
 
824 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  32.95 
 
 
4079 aa  48.5  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0631  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
200 aa  48.5  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 
374 aa  48.9  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2117  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.63 
 
 
207 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2351  hypothetical protein  28.03 
 
 
395 aa  48.1  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.212242  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  35.48 
 
 
436 aa  48.1  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 
209 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4144  Zinc finger-domain-containing protein  31.63 
 
 
1124 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000494225 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
649 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  32.95 
 
 
397 aa  47.8  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2198  TPR repeat-containing protein  27.45 
 
 
209 aa  47.4  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1451  TPR repeat-containing protein  29.35 
 
 
244 aa  47.4  0.00006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.346129  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0214  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 
308 aa  47.4  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2482  sulfotransferase TPR domain-containing protein  29.46 
 
 
530 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.03 
 
 
786 aa  47  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1158  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 
315 aa  47  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.804036  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3371  glycosyl transferase family protein  33.96 
 
 
396 aa  47  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.547122  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2910  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.72 
 
 
257 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0603977  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1616  TPR repeat-containing protein  27.12 
 
 
544 aa  47  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.797217  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 
1276 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
265 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  26.6 
 
 
681 aa  47  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  26.14 
 
 
279 aa  46.6  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22531  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 
202 aa  46.6  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 
423 aa  46.6  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2278  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.12 
 
 
247 aa  46.2  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2382  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  29.41 
 
 
778 aa  46.2  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  30.77 
 
 
340 aa  46.2  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.77 
 
 
265 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1598  hypothetical protein  29.41 
 
 
208 aa  46.2  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000392317  normal  0.531988 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.14 
 
 
988 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1114  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.97 
 
 
641 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
465 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 
3560 aa  46.2  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  22.77 
 
 
265 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1720  TPR repeat-containing protein  21.74 
 
 
187 aa  45.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 
594 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2204  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 
191 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0332088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>