164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0077 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0077  phosphatidylglycerophosphatase A  100 
 
 
193 aa  380  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3666  phosphatidylglycerophosphatase A  68.16 
 
 
185 aa  236  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4475  phosphatidylglycerophosphatase  68.45 
 
 
181 aa  221  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.18639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0709  phosphatidylglycerophosphatase A  64.5 
 
 
166 aa  212  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0484  phosphatidylglycerophosphatase A  61.99 
 
 
175 aa  200  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0211  phosphatidylglycerophosphatase  59.88 
 
 
184 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.627507 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0344  phosphatidylglycerophosphatase A  67.27 
 
 
176 aa  193  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.182849  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0355  phosphatidylglycerophosphatase  67.27 
 
 
176 aa  193  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0430  phosphatidylglycerophosphatase  60.74 
 
 
180 aa  187  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.777688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0582  phosphatidylglycerophosphatase A  56.32 
 
 
175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3920  phosphatidylglycerophosphatase A  54.71 
 
 
185 aa  174  5e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3048  phosphatidylglycerophosphatase  47.8 
 
 
190 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3015  phosphatidylglycerophosphatase A  47.34 
 
 
192 aa  157  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.702802 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2849  phosphatidylglycerophosphatase  48 
 
 
188 aa  157  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2605  phosphatidylglycerophosphatase A  46.29 
 
 
191 aa  157  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.280731  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0597  phosphatidylglycerophosphatase A  51.81 
 
 
181 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499318  normal  0.310706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2606  phosphatidylglycerophosphatase A  49.15 
 
 
213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.044586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2769  phosphatidyl-glycerophosphatase hydrolase transmembrane protein  45.71 
 
 
174 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135706  normal  0.433586 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0555  phosphatidylglycerophosphatase  51.2 
 
 
193 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0146  phosphatidylglycerophosphatase A  51.2 
 
 
178 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0530  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
181 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0629  phosphatidylglycerophosphatase A  51.2 
 
 
178 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3401  phosphatidylglycerophosphatase A  50 
 
 
193 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.394477  normal  0.0499313 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0398  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
205 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.132793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1258  putative phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
205 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3441  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
205 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.251594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3478  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
205 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3307  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
205 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1187  phosphatidylglycerophosphatase A  49.4 
 
 
178 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0554  phosphatidylglycerophosphatase A  48.8 
 
 
181 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3711  phosphatidylglycerophosphatase  49.4 
 
 
183 aa  149  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.741553  normal  0.132054 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3476  phosphatidylglycerophosphatase A  50.6 
 
 
157 aa  148  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.851848  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2756  phosphatidylglycerophosphatase A  47.09 
 
 
182 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.617672  normal  0.633747 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2479  phosphatidylglycerophosphatase A, putative  50 
 
 
154 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.118305  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0244  phosphatidylglycerophosphatase A  43.72 
 
 
185 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0222  phosphatidylglycerophosphatase A  43.35 
 
 
190 aa  134  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3741  phosphatidylglycerophosphatase  48.78 
 
 
161 aa  129  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.120862 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0713  phosphatidylglycerophosphatase A  47.77 
 
 
160 aa  124  6e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0014  phosphatidylglycerophosphatase A  39.34 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1051  phosphatidylglycerophosphatase A  40.83 
 
 
171 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1168  phosphatidylglycerophosphatase A  39.77 
 
 
164 aa  108  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0307718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11470  phosphatidylglycerophosphatase A  40.24 
 
 
171 aa  108  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.200521  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5013  phosphatidylglycerophosphatase  40.23 
 
 
167 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1388  phosphatidylglycerophosphatase A  41.67 
 
 
164 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.156442  hitchhiker  0.000000306941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0555  phosphatidylglycerophosphatase A  42.95 
 
 
167 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0566  phosphatidylglycerophosphatase A  42.95 
 
 
167 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1279  phosphatidylglycerophosphatase  42.17 
 
 
164 aa  106  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0214485  unclonable  0.000000000064326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0520  phosphatidylglycerophosphatase A  42.95 
 
 
167 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3851  phosphatidylglycerophosphatase  41.25 
 
 
177 aa  105  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.990071  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1855  phosphatidylglycerophosphatase A  40.46 
 
 
169 aa  105  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.020025  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0573  phosphatidylglycerophosphatase A  39.53 
 
 
167 aa  104  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4046  phosphatidylglycerophosphatase A  41.51 
 
 
160 aa  103  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004259  phosphatidylglycerophosphatase A  40.23 
 
 
168 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.348305  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1048  phosphatidylglycerophosphatase A  44.05 
 
 
162 aa  102  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0102464 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0929  phosphatidylglycerophosphatase A  44.05 
 
 
162 aa  102  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1317  phosphatidylglycerophosphatase  40.36 
 
 
162 aa  102  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3167  phosphatidylglycerophosphatase A  42.24 
 
 
161 aa  101  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3254  phosphatidylglycerophosphatase A  42.24 
 
 
161 aa  101  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.021985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3113  phosphatidylglycerophosphatase A  42.24 
 
 
161 aa  101  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2194  phosphatidylglycerophosphatase  46.41 
 
 
159 aa  101  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000299567  hitchhiker  0.00000439184 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3452  phosphatidylglycerophosphatase  38.46 
 
 
159 aa  100  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000808785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06780  Phosphatidylglycerophosphatase A  41.14 
 
 
159 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.47557  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1041  phosphatidylglycerophosphatase  39.22 
 
 
163 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00761456  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01172  phosphatidylglycerophosphatase A  40.8 
 
 
167 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2895  phosphatidylglycerophosphatase A  38.15 
 
 
168 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3154  phosphatidylglycerophosphatase A  40.74 
 
 
166 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000760341  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3297  phosphatidylglycerophosphatase A  40.74 
 
 
164 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0162113  decreased coverage  0.000104727 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3152  phosphatidylglycerophosphatase A  40.74 
 
 
164 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00112475  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1217  phosphatidylglycerophosphatase A  40.12 
 
 
164 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00160129  normal  0.251899 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0833  phosphatidylglycerophosphatase  38.1 
 
 
161 aa  99  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000936686  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0572  phosphatidylglycerophosphatase  44.31 
 
 
163 aa  98.6  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.235405 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1193  phosphatidylglycerophosphatase  38.86 
 
 
164 aa  98.2  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1076  phosphatidylglycerophosphatase A  39.88 
 
 
164 aa  98.6  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00366  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.828756  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3191  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1565  phosphatidylglycerophosphatase A  41.72 
 
 
164 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00370  hypothetical protein  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.63417  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3215  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0500  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
168 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0454  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
169 aa  97.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0339  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.775727  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0489  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0449  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
172 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0848  phosphatidylglycerophosphatase  39.67 
 
 
174 aa  96.3  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1029  phosphatidylglycerophosphatase A  38.12 
 
 
178 aa  96.3  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1534  phosphatidylglycerophosphatase A  38.99 
 
 
157 aa  94.4  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0603725  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0390  phosphatidylglycerophosphatase  39.88 
 
 
159 aa  94  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0928  phosphatidylglycerophosphatase A  38.55 
 
 
167 aa  93.6  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2772  phosphatidylglycerophosphatase  40.12 
 
 
166 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0288335  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1150  phosphatidylglycerophosphatase  40.88 
 
 
164 aa  93.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.313843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0522  phosphatidylglycerophosphatase A  37.93 
 
 
168 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0480  phosphatidylglycerophosphatase A  37.93 
 
 
168 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0459  phosphatidylglycerophosphatase A  37.93 
 
 
168 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.827661  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1102  phosphatidylglycerophosphatase  40.62 
 
 
164 aa  92  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0459736  normal  0.578587 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01424  phosphatidylglycerophosphatase A  40.48 
 
 
166 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.449557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3086  phosphatidylglycerophosphatase A  38.51 
 
 
170 aa  92  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1678  Phosphatidylglycerophosphatase  39.44 
 
 
181 aa  92  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.98152 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0795  phosphatidylglycerophosphatase A  39.38 
 
 
160 aa  91.7  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0461  phosphatidylglycerophosphatase A  37.36 
 
 
168 aa  91.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0915  phosphatidylglycerophosphatase A  39.51 
 
 
167 aa  91.3  8e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000968803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>