69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0009 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0009  integral membrane protein  100 
 
 
283 aa  551  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191887  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1576  integral membrane protein  71.37 
 
 
281 aa  355  5e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371521 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2564  integral membrane protein  63.12 
 
 
277 aa  299  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.124593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1053  integral membrane protein  61.71 
 
 
288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4241  integral membrane protein  56.08 
 
 
252 aa  212  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1482  hypothetical protein  35.04 
 
 
257 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3645  integral membrane protein  38.67 
 
 
257 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258813  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0257  hypothetical protein  37.6 
 
 
257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3045  integral membrane protein  32.57 
 
 
261 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319119  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2254  integral membrane protein-like  34.18 
 
 
263 aa  112  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.065811  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3048  integral membrane protein  35 
 
 
275 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702381  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5921  hypothetical protein  33.6 
 
 
268 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.206113  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1494  hypothetical protein  34.17 
 
 
269 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.452839  normal  0.118134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3771  integral membrane protein  30.35 
 
 
272 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1233  integral membrane protein  33.33 
 
 
289 aa  105  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2413  integral membrane protein  31.2 
 
 
263 aa  105  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.696522  hitchhiker  0.0019684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2035  putative cytochrome c oxidase, subunit I  30.34 
 
 
264 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01073  putative cytochrome c oxidase, subunit I  30.89 
 
 
264 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1270  integral membrane protein  35.9 
 
 
283 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.731901  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2479  cytochrome c oxidase subunit I  30.91 
 
 
275 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2771  hypothetical protein  30.6 
 
 
300 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.439667  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2132  conserved hypothetical conserved membrane protein  35.03 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0978779 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1157  integral membrane protein  31.33 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522859  normal  0.049297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2770  hypothetical protein  32.95 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1998  integral membrane protein  28.62 
 
 
272 aa  95.9  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1050  integral membrane protein  29.75 
 
 
291 aa  95.9  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0330  cytochrome c oxidase subunit I  31.06 
 
 
270 aa  95.5  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002466  putative cytochrome c oxidase subunit I  28.24 
 
 
265 aa  94  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2133  Protein of unknown function DUF2189, transmembrane  29.41 
 
 
284 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.148345 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1737  putative cytochrome c oxidase, subunit I  29.88 
 
 
260 aa  92.8  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1524  integral membrane-like protein  33.46 
 
 
262 aa  92.8  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1855  integral membrane protein-like protein  29.01 
 
 
258 aa  92.8  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0153  hypothetical protein  31.27 
 
 
268 aa  92.8  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242338 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1923  conserved hypothetical conserved membrane protein  33.5 
 
 
267 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1763  hypothetical protein  27.7 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168162  normal  0.0214362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1602  integral membrane protein  31.85 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2272  integral membrane protein  31.85 
 
 
278 aa  90.5  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.297737  normal  0.474606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3447  hypothetical protein  28.84 
 
 
265 aa  90.1  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0848304  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03569  hypothetical protein  28.52 
 
 
273 aa  89.7  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1473  hypothetical protein  30 
 
 
282 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2727  hypothetical protein  31.56 
 
 
263 aa  89.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.366469  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1805  hypothetical protein  27.66 
 
 
307 aa  89  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0963  hypothetical protein  28.73 
 
 
307 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0621  cytochrome c oxidase subunit I  32.62 
 
 
265 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0229619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2726  hypothetical protein  29.23 
 
 
300 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  0.243579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4394  hypothetical protein  31.14 
 
 
303 aa  87  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0476176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1797  integral membrane-like protein  36.36 
 
 
260 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.797303  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3414  hypothetical protein  32.5 
 
 
285 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3166  hypothetical protein  34.31 
 
 
298 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1866  hypothetical protein  30.56 
 
 
273 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.31982 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0871  hypothetical protein  31.68 
 
 
269 aa  86.7  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.99358  normal  0.512198 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3410  integral membrane protein  32.08 
 
 
242 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16233  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4475  hypothetical protein  28.63 
 
 
287 aa  85.5  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6788  hypothetical protein  30.13 
 
 
247 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101471  normal  0.0851978 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2976  hypothetical protein  31.07 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1622  hypothetical protein  31.07 
 
 
258 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.559223  normal  0.211497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5347  hypothetical protein  30.63 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6089  hypothetical protein  30.91 
 
 
263 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3983  hypothetical protein  29.84 
 
 
282 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1194  cytochrome c oxidase subunit I  30.18 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.25451  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3899  cytochrome c oxidase subunit I  31.34 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4138  hypothetical protein  28.62 
 
 
282 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2357  cytochrome c oxidase subunit I  29.6 
 
 
263 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2304  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2531  hypothetical protein  30.69 
 
 
267 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.849481  normal  0.0611922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4036  integral membrane protein  31.25 
 
 
269 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1174  hypothetical protein  30.74 
 
 
269 aa  68.9  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226472  normal  0.695138 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2775  integral membrane protein-like protein  38.2 
 
 
284 aa  61.6  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3013  hypothetical protein  26.67 
 
 
261 aa  48.5  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2731  hypothetical protein  25.85 
 
 
243 aa  42  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.471338  normal  0.518668 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>