More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0004 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0004  signal-transduction protein  100 
 
 		 142 aa  290  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3631  putative signal transduction protein with CBS domains  66.9 
 
 		 142 aa  200  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0100  putative signal transduction protein with CBS domains  50.36 
 
 		 143 aa  152  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2360  signal-transduction protein  52.82 
 
 		 142 aa  150  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0426332  normal  0.516588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2374  signal-transduction protein  49.31 
 
 		 146 aa  147  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.425597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0420  signal-transduction protein  50.7 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0016  signal-transduction protein  48.59 
 
 		 146 aa  144  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0040  CBS  46.48 
 
 		 146 aa  143  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847902  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4974  putative signal-transduction protein with CBS domains  49.65 
 
 		 147 aa  140  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0816417 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1026  signal-transduction protein  50.35 
 
 		 153 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0490462 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3635  signal-transduction protein  49.28 
 
 		 153 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295786  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4123  signal-transduction protein  49.28 
 
 		 153 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00087962  normal  0.0202046 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4732  signal-transduction protein  49.28 
 
 		 153 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2962  putative signal transduction protein with CBS domains  50.72 
 
 		 145 aa  138  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5550  signal-transduction protein  48.55 
 
 		 153 aa  138  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1676  signal-transduction protein  48.25 
 
 		 147 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.780489  normal  0.354622 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4587  signal-transduction protein  48.55 
 
 		 153 aa  137  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00378118  hitchhiker  0.00177049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2114  CBS domain-containing protein  47.59 
 
 		 149 aa  136  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3686  CBS domain containing protein  45.07 
 
 		 142 aa  135  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.364538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0623  CBS  50.35 
 
 		 143 aa  135  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4121  signal-transduction protein  47.55 
 
 		 146 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2066  CBS domain containing protein  45.77 
 
 		 163 aa  134  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00480753 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3241  signal-transduction protein  45.77 
 
 		 144 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484063 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2834  signal-transduction protein  45.45 
 
 		 145 aa  133  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.316088  normal  0.231791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3943  signal-transduction protein  46.38 
 
 		 153 aa  133  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.69222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2095  hypothetical protein  43.66 
 
 		 164 aa  133  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.040556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1409  signal-transduction protein  46.85 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2323  putative signal transduction protein with CBS domains  44.76 
 
 		 145 aa  131  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.170904  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1515  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0612  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.735232  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1350  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0725634  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2480  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0957  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1290  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427954  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0334  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1218  CBS domain-containing protein  46.81 
 
 		 154 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3056  putative signal-transduction protein with CBS domains  43.57 
 
 		 143 aa  130  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0272  CBS domain-containing protein  46.48 
 
 		 145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0202  CBS domain-containing protein  44.44 
 
 		 145 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.025801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0228  CBS domain-containing protein  45.07 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0225  CBS domain-containing protein  44.44 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.791993 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  45.93 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1650  signal-transduction protein  46.32 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2620  CBS domain protein  44.76 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3735  signal transduction protein  45.45 
 
 		 146 aa  123  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3539  signal-transduction protein  45.39 
 
 		 146 aa  123  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.278615 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0233  putative signal transduction protein with CBS domains  47.29 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.193926  normal  0.17761 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0338  signal-transduction protein  42.86 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0335  hypothetical protein  41.13 
 
 		 144 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03090  CBS domain-containing protein  41.13 
 
 		 144 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.17742  hitchhiker  0.000000481482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2360  CBS  45.14 
 
 		 146 aa  114  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00610469  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3826  putative signal transduction protein with CBS domains  47.9 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.950929 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5408  putative signal transduction protein with CBS domains  43.75 
 
 		 146 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000447829  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2768  putative signal transduction protein with CBS domains  40 
 
 		 148 aa  111  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0631  signal-transduction protein  38.03 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0667586  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1756  CBS  37.78 
 
 		 155 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966462  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1220  signal-transduction protein  38.81 
 
 		 145 aa  104  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348501 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47178  predicted protein  41.41 
 
 		 182 aa  103  7e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01671  CBS domain protein  47.12 
 
 		 104 aa  99.8  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147887  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2771  hypothetical protein  42.74 
 
 		 125 aa  97.4  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.372067 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0527  CBS domain containing protein  35.65 
 
 		 147 aa  92.8  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3725  signal-transduction protein  37.14 
 
 		 143 aa  92  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3128  signal-transduction protein  35.29 
 
 		 142 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.192632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0013  signal-transduction protein  37.68 
 
 		 147 aa  92.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.371187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2247  putative signal transduction protein with CBS domains  35.97 
 
 		 142 aa  90.1  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000297093  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0774  putative signal transduction protein with CBS domains  35.51 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2707  signal-transduction protein  34.56 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5213  hypothetical protein  36.69 
 
 		 142 aa  88.2  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  0.0487848 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3271  putative signal-transduction protein with CBS domains  36.43 
 
 		 143 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311988 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1087  signal-transduction protein  32.85 
 
 		 142 aa  87.4  6e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0884607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1387  CBS domain containing protein  34.58 
 
 		 148 aa  87  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1616  putative CBS domain-containing signal transduction protein  35.71 
 
 		 142 aa  86.3  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0447  signal-transduction protein  35.58 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.285729  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2153  signal-transduction protein  35.25 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.268313  normal  0.0990163 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3744  signal transduction protein  37.4 
 
 		 148 aa  85.5  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2661  signal-transduction protein  37.23 
 
 		 177 aa  85.5  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63207  normal  0.665873 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3231  signal-transduction protein  37.86 
 
 		 143 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00933533  normal  0.19525 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0153  signal-transduction protein  37.98 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2362  signal-transduction protein  32.85 
 
 		 143 aa  84  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.67854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2526  signal-transduction protein  36.5 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.526316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2198  signal-transduction protein  34.38 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0268449  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1852  putative signal transduction protein with CBS domains  35.21 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260866  normal  0.0125119 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3897  CBS domain containing protein  34.53 
 
 		 142 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3250  signal-transduction protein  36.36 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0271263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1745  hypothetical protein  36.13 
 
 		 144 aa  81.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.87888 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3907  signal-transduction protein  33.33 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2219  putative signal-transduction protein with CBS domains  34.53 
 
 		 143 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0827472 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3033  signal-transduction protein  35.29 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0966775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4635  signal-transduction protein  34.53 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.574258  normal  0.318433 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2352  signal-transduction protein  37.84 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.103406  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1915  signal-transduction protein  36.22 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.414103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3316  CBS domain-containing protein  35.54 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00011902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2880  signal-transduction protein  34.56 
 
 		 145 aa  79  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.982708  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12434  hypothetical protein  35.04 
 
 		 142 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.651384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3268  CBS domain-containing protein  30.37 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5124  putative signal transduction protein with CBS domains  39.29 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.922703  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1108  signal-transduction protein  33.9 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2537  putative signal transduction protein with CBS domains  33.09 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.482232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2262  CBS domain-containing protein  33.09 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.175418 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1780  putative signal transduction protein with CBS domains  31.36 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>