More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0016 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0016  signal-transduction protein  100 
 
 
146 aa  298  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0040  CBS  82.88 
 
 
146 aa  257  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.847902  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0420  signal-transduction protein  64.34 
 
 
158 aa  193  7e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3241  signal-transduction protein  61.11 
 
 
144 aa  192  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2374  signal-transduction protein  62.5 
 
 
146 aa  184  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.425597  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4974  putative signal-transduction protein with CBS domains  59.03 
 
 
147 aa  183  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0816417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1676  signal-transduction protein  58.33 
 
 
147 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.780489  normal  0.354622 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1409  signal-transduction protein  60.14 
 
 
146 aa  180  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3943  signal-transduction protein  57.34 
 
 
153 aa  178  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.69222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4123  signal-transduction protein  58.74 
 
 
153 aa  178  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00087962  normal  0.0202046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1026  signal-transduction protein  58.04 
 
 
153 aa  176  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0490462 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5550  signal-transduction protein  57.34 
 
 
153 aa  176  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4587  signal-transduction protein  57.34 
 
 
153 aa  176  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00378118  hitchhiker  0.00177049 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1515  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
153 aa  176  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3635  signal-transduction protein  56.64 
 
 
153 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295786  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4732  signal-transduction protein  56.64 
 
 
153 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820406  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0957  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1218  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1350  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0725634  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2480  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0612  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.735232  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1290  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427954  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0334  CBS domain-containing protein  57.34 
 
 
154 aa  174  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2114  CBS domain-containing protein  57.14 
 
 
149 aa  174  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2095  hypothetical protein  55.24 
 
 
164 aa  173  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.040556  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3539  signal-transduction protein  56.64 
 
 
146 aa  170  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.278615 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2066  CBS domain containing protein  52.41 
 
 
163 aa  167  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00480753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2323  putative signal transduction protein with CBS domains  53.85 
 
 
145 aa  163  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.170904  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2834  signal-transduction protein  53.85 
 
 
145 aa  162  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.316088  normal  0.231791 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0623  CBS  56.25 
 
 
143 aa  161  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0100  putative signal transduction protein with CBS domains  56.43 
 
 
143 aa  160  5.0000000000000005e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2360  signal-transduction protein  52.48 
 
 
142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0426332  normal  0.516588 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0228  CBS domain-containing protein  50.69 
 
 
145 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03090  CBS domain-containing protein  52.45 
 
 
144 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.17742  hitchhiker  0.000000481482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0202  CBS domain-containing protein  52.08 
 
 
145 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.025801  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0338  signal-transduction protein  49.65 
 
 
147 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0225  CBS domain-containing protein  52.08 
 
 
145 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.791993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0335  hypothetical protein  51.75 
 
 
144 aa  147  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3056  putative signal-transduction protein with CBS domains  50 
 
 
143 aa  148  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185367  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2962  putative signal transduction protein with CBS domains  51.77 
 
 
145 aa  147  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0272  CBS domain-containing protein  50 
 
 
145 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2620  CBS domain protein  53.1 
 
 
146 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0004  signal-transduction protein  48.59 
 
 
142 aa  144  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3735  signal transduction protein  52.41 
 
 
146 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3686  CBS domain containing protein  50.35 
 
 
142 aa  141  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.364538  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0233  putative signal transduction protein with CBS domains  51.49 
 
 
140 aa  140  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.193926  normal  0.17761 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5408  putative signal transduction protein with CBS domains  47.59 
 
 
146 aa  135  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000447829  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4121  signal-transduction protein  48.95 
 
 
146 aa  135  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2360  CBS  53.1 
 
 
146 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00610469  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1650  signal-transduction protein  45.32 
 
 
141 aa  132  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1462  putative signal transduction protein with CBS domains  46.76 
 
 
145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0493403  normal  0.625814 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3826  putative signal transduction protein with CBS domains  51.28 
 
 
120 aa  130  6e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.950929 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1756  CBS  47.83 
 
 
155 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966462  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2768  putative signal transduction protein with CBS domains  44.06 
 
 
148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0620195  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3631  putative signal transduction protein with CBS domains  42.66 
 
 
142 aa  117  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01671  CBS domain protein  50 
 
 
104 aa  101  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147887  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47178  predicted protein  38.17 
 
 
182 aa  95.5  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3250  signal-transduction protein  39.44 
 
 
174 aa  92.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0271263  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0013  signal-transduction protein  33.33 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.371187  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2661  signal-transduction protein  36.17 
 
 
177 aa  90.9  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.63207  normal  0.665873 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3725  signal-transduction protein  37.14 
 
 
143 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3128  signal-transduction protein  36.88 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.192632  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2526  signal-transduction protein  42.98 
 
 
143 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.526316  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3897  CBS domain containing protein  37.41 
 
 
142 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2961  CBS domain-containing proteins  32.14 
 
 
144 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.195076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2771  hypothetical protein  35.9 
 
 
125 aa  87.4  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.372067 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1607  signal-transduction protein  32.14 
 
 
144 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0484541 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1649  signal-transduction protein  36.69 
 
 
142 aa  87  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2247  putative signal transduction protein with CBS domains  37.32 
 
 
142 aa  86.3  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000297093  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2153  signal-transduction protein  34.53 
 
 
142 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.268313  normal  0.0990163 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1391  CBS domain-containing protein  32.14 
 
 
144 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.769563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1915  signal-transduction protein  34.29 
 
 
144 aa  85.9  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.414103  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1220  signal-transduction protein  34.97 
 
 
145 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.348501 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3271  putative signal-transduction protein with CBS domains  35.71 
 
 
143 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00311988 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1108  signal-transduction protein  35 
 
 
144 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1696  CBS domain-containing protein  37.23 
 
 
143 aa  85.1  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28583  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1938  CBS domain-containing protein  36.43 
 
 
143 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.704039  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1616  putative CBS domain-containing signal transduction protein  38.03 
 
 
142 aa  84  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3268  CBS domain-containing protein  37.96 
 
 
142 aa  83.2  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1844  hypothetical protein  32.12 
 
 
144 aa  82.4  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2035  CBS domain-containing protein  36.79 
 
 
143 aa  82.4  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1844  CBS domain-containing protein  33.33 
 
 
688 aa  81.6  0.000000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2880  signal-transduction protein  33.56 
 
 
145 aa  81.3  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.982708  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1321  hypothetical protein  34.29 
 
 
142 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3292  signal transduction protein  37.27 
 
 
142 aa  81.3  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0859  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0269  signal transduction protein  33.33 
 
 
688 aa  81.3  0.000000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2362  signal-transduction protein  37.86 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.67854  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5213  hypothetical protein  35.97 
 
 
142 aa  80.9  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal  0.0487848 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1852  putative signal transduction protein with CBS domains  33.33 
 
 
144 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260866  normal  0.0125119 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0527  CBS domain containing protein  31.3 
 
 
147 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2352  signal-transduction protein  31.3 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.103406  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2670  signal-transduction protein  38.13 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0199897  normal  0.983064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2115  putative signal transduction protein with CBS domains  39.83 
 
 
148 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1745  hypothetical protein  32.37 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.87888 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3907  signal-transduction protein  35.97 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184794  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1107  signal-transduction protein  36.62 
 
 
143 aa  79.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2537  putative signal transduction protein with CBS domains  32.86 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.482232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2262  CBS domain-containing protein  32.86 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.175418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3033  signal-transduction protein  36.5 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0966775  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>