39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0042 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0042  Heme exporter protein D (CcmD)  100 
 
 		 59 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3994  heme exporter protein D  49.06 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.692189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1380  heme exporter protein CcmD  52.83 
 
 		 62 aa  64.7  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1515  heme exporter protein D (CcmD)  56.6 
 
 		 62 aa  63.9  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1211  hypothetical protein  54.17 
 
 		 65 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.284082  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0187  Heme exporter protein D (CcmD)  43.64 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000124627  hitchhiker  0.00139389 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  42.19 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0709378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  42.19 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0178152  normal  0.0518637 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3730  Heme exporter protein D (CcmD)  42.19 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0522398  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0225  Heme exporter protein D (CcmD)  42.19 
 
 		 66 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0435599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4027  heme exporter protein CcmD  42.19 
 
 		 66 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.385371  hitchhiker  0.0000000577054 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0212  Heme exporter protein D (CcmD)  43.75 
 
 		 65 aa  51.6  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126241  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  40.62 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0464589  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0223  Heme exporter protein D (CcmD)  40.62 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00474727 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0228  Heme exporter protein D (CcmD)  40.62 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.102118  unclonable  0.0000000000309082 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1642  heme exporter protein D  44.23 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.752809  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0260  heme exporter protein CcmD  40.62 
 
 		 66 aa  51.2  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0420  heme exporter protein CcmD, putative  44.9 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4662  heme exporter protein CcmD  45.61 
 
 		 66 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270575  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0176  Heme exporter protein D (CcmD)  50 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3253  Heme exporter protein D (CcmD)  45.1 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4290  heme exporter protein D (CcmD)  40.62 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000529225 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3572  Heme exporter protein D (CcmD)  67.74 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0932197  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03071  heme exporter protein CcmD  38.71 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002844  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD interacts with CcmCE  42.31 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0242  heme exporter protein CcmD  38.18 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0295502  hitchhiker  0.000649691 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1367  heme exporter protein D  54.29 
 
 		 62 aa  47  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03132  heme exporter protein D  42.31 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3021  Heme exporter protein D (CcmD)  34.55 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4001  heme exporter protein CcmD  45.24 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1826  cytochrome c biogenesis protein, CcmD  45.45 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.180255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2278  cytochrome c-type biogenesis protein CcmD  65.38 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2388  hypothetical protein  45.61 
 
 		 63 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000138331  hitchhiker  0.0000159391 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2435  hypothetical protein  44.44 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.762204 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4099  hypothetical protein  44.44 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1031  heme exporter protein CcmD  38.71 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0890  heme exporter protein CcmD  39.13 
 
 		 73 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0921  heme exporter protein CcmD  39.13 
 
 		 73 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2788  Heme exporter protein D (CcmD)  34.55 
 
 		 58 aa  40.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.90473 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>