More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0045 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  100 
 
 
210 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.55 
 
 
204 aa  191  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.39 
 
 
206 aa  180  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  48.95 
 
 
201 aa  177  9e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  45.18 
 
 
215 aa  171  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  43.98 
 
 
225 aa  159  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 
217 aa  155  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.81 
 
 
208 aa  154  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.58 
 
 
205 aa  154  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  41.05 
 
 
205 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  41.62 
 
 
236 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.39 
 
 
207 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.49 
 
 
216 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.49 
 
 
216 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.49 
 
 
216 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.49 
 
 
216 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  43.3 
 
 
220 aa  149  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.21 
 
 
216 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.5 
 
 
216 aa  148  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.84 
 
 
211 aa  148  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.58 
 
 
216 aa  148  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
216 aa  148  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39 
 
 
216 aa  147  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.58 
 
 
216 aa  147  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.47 
 
 
204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.67 
 
 
226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  40.21 
 
 
212 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.5 
 
 
216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  42.71 
 
 
207 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  42.71 
 
 
207 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
205 aa  145  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
217 aa  145  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.54 
 
 
216 aa  144  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.19 
 
 
205 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39 
 
 
215 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.53 
 
 
226 aa  142  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.73 
 
 
219 aa  140  9e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.03 
 
 
218 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  41.03 
 
 
223 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  38.36 
 
 
228 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 
227 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.03 
 
 
218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.03 
 
 
218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  40.45 
 
 
188 aa  139  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  42.72 
 
 
236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.09 
 
 
207 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
208 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
208 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
207 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  37.77 
 
 
210 aa  138  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
207 aa  138  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
207 aa  138  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.72 
 
 
211 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.86 
 
 
208 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.39 
 
 
205 aa  136  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.86 
 
 
207 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  42.71 
 
 
212 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  38.76 
 
 
202 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  40.72 
 
 
207 aa  134  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1544  heme exporter protein CcmA  44 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123842 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.53 
 
 
206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.62 
 
 
210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.41 
 
 
233 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.19 
 
 
209 aa  131  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.91 
 
 
234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.21 
 
 
214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.31 
 
 
210 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.31 
 
 
210 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  37.69 
 
 
204 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.31 
 
 
210 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.32 
 
 
210 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.35 
 
 
214 aa  126  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.35 
 
 
214 aa  126  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.83 
 
 
211 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.93 
 
 
210 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.93 
 
 
210 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0948  Heme exporter protein CcmA  40.87 
 
 
216 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.589324  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  36.51 
 
 
229 aa  123  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.6 
 
 
212 aa  122  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0708  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.35 
 
 
210 aa  119  3e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.89 
 
 
215 aa  119  3e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.47 
 
 
212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.85 
 
 
207 aa  118  6e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.68 
 
 
234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  35.35 
 
 
207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 
200 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0295  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.15 
 
 
217 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.831759  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0589  heme exporter protein CcmA  40.89 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.98 
 
 
218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.03 
 
 
221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  32.99 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.19 
 
 
200 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>