More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0524 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 		 200 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  89.5 
 
 		 200 aa  351  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  85.43 
 
 		 200 aa  330  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0322  cytochrome c biogenesis protein CcmA  71 
 
 		 200 aa  258  3e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0409  cytochrome c biogenesis protein CcmA  70.15 
 
 		 204 aa  250  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0205  cytochrome c biogenesis protein CcmA  73 
 
 		 201 aa  241  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0526934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0381  cytochrome c biogenesis protein CcmA  71.96 
 
 		 189 aa  218  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  55.05 
 
 		 213 aa  203  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  55.45 
 
 		 216 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.32 
 
 		 215 aa  193  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.32 
 
 		 218 aa  193  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  54.46 
 
 		 215 aa  192  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  54.5 
 
 		 215 aa  190  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  53.47 
 
 		 215 aa  189  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.26 
 
 		 205 aa  187  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.5 
 
 		 202 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  50.73 
 
 		 202 aa  185  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  55 
 
 		 212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  53.96 
 
 		 212 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.77 
 
 		 215 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.8 
 
 		 215 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 		 221 aa  177  9e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  52.74 
 
 		 207 aa  174  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.77 
 
 		 207 aa  168  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.3 
 
 		 208 aa  164  6.9999999999999995e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4989  heme exporter protein CcmA  46.94 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.69 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1180  heme exporter protein CcmA  47.26 
 
 		 205 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.84 
 
 		 204 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.85 
 
 		 212 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  39.7 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.35 
 
 		 210 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0999  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.15 
 
 		 204 aa  140  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.18 
 
 		 210 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.48 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.18 
 
 		 210 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 		 206 aa  136  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.84 
 
 		 217 aa  134  9e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  39.18 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.8 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.53 
 
 		 216 aa  132  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.05 
 
 		 216 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  37.56 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.87 
 
 		 204 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 		 215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.15 
 
 		 211 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.53 
 
 		 216 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  42.55 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.84 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  39.11 
 
 		 210 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.49 
 
 		 216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.47 
 
 		 216 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.47 
 
 		 216 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.74 
 
 		 227 aa  125  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.55 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.42 
 
 		 216 aa  124  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.38 
 
 		 206 aa  125  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.98 
 
 		 209 aa  125  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  37.31 
 
 		 215 aa  125  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.55 
 
 		 218 aa  124  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  44.39 
 
 		 220 aa  124  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 		 208 aa  124  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.42 
 
 		 216 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 		 208 aa  124  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.07 
 
 		 207 aa  124  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.55 
 
 		 218 aa  124  9e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  45.79 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.31 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.48 
 
 		 210 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  34.95 
 
 		 205 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.63 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  39.09 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  39.09 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.89 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.86 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.64 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.86 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  122  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.86 
 
 		 210 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1421  heme exporter protein CcmA  40.56 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0399631 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0040  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.55 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 		 205 aa  122  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  40.31 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>