More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3653 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 		 210 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  90.95 
 
 		 210 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  90.95 
 
 		 210 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  91.43 
 
 		 210 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78.26 
 
 		 214 aa  330  9e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  79.13 
 
 		 211 aa  329  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.2 
 
 		 233 aa  328  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  79.7 
 
 		 234 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  75.24 
 
 		 211 aa  306  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  70.62 
 
 		 215 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  72.33 
 
 		 212 aa  294  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.99 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.85 
 
 		 226 aa  189  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  47.76 
 
 		 212 aa  185  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.77 
 
 		 218 aa  184  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.29 
 
 		 204 aa  184  9e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.75 
 
 		 207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  48.28 
 
 		 205 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.28 
 
 		 205 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.28 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.78 
 
 		 218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  48.69 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.46 
 
 		 205 aa  176  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  51.23 
 
 		 207 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  51.23 
 
 		 205 aa  174  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.23 
 
 		 205 aa  174  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.97 
 
 		 205 aa  174  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  51.23 
 
 		 207 aa  174  9e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.23 
 
 		 205 aa  174  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.23 
 
 		 205 aa  174  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.32 
 
 		 210 aa  173  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.74 
 
 		 205 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.12 
 
 		 216 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.88 
 
 		 216 aa  170  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.32 
 
 		 208 aa  170  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.02 
 
 		 206 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.6 
 
 		 216 aa  169  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.35 
 
 		 217 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.27 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.27 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.89 
 
 		 216 aa  168  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  48.08 
 
 		 220 aa  168  6e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.27 
 
 		 208 aa  168  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.88 
 
 		 216 aa  168  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  43.56 
 
 		 236 aa  168  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.27 
 
 		 208 aa  167  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.07 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.62 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.07 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.36 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.36 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.36 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.36 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.83 
 
 		 216 aa  165  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.75 
 
 		 205 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.75 
 
 		 207 aa  164  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.6 
 
 		 217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 		 207 aa  164  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 		 207 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.27 
 
 		 216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.95 
 
 		 227 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  47.87 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.85 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  45.13 
 
 		 225 aa  153  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  43.41 
 
 		 204 aa  148  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  46.67 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  41.88 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 		 209 aa  145  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  42.08 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.09 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1544  heme exporter protein CcmA  46.63 
 
 		 234 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  48.17 
 
 		 178 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.8 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.8 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.41 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  43.98 
 
 		 236 aa  132  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  45.79 
 
 		 230 aa  131  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  39.63 
 
 		 202 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  41.62 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.58 
 
 		 211 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2164  heme exporter protein CcmA  41.58 
 
 		 255 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.57 
 
 		 200 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.21 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  40.32 
 
 		 210 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  42.23 
 
 		 215 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.62 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  42.11 
 
 		 216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  36.84 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  41.35 
 
 		 215 aa  126  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  41.83 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  41.26 
 
 		 212 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  37.8 
 
 		 210 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 		 221 aa  123  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.48 
 
 		 200 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.03 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 		 215 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>