More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0999 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0999  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 		 204 aa  394  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  64.43 
 
 		 210 aa  231  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  63.92 
 
 		 210 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  61.34 
 
 		 212 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  61.98 
 
 		 210 aa  220  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  56.16 
 
 		 205 aa  214  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  63.64 
 
 		 211 aa  214  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.26 
 
 		 205 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.15 
 
 		 200 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.23 
 
 		 215 aa  142  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.23 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  45.74 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 200 aa  141  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.15 
 
 		 200 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.03 
 
 		 202 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.71 
 
 		 221 aa  138  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  45.31 
 
 		 202 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.29 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.21 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0322  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.24 
 
 		 200 aa  128  7.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1180  heme exporter protein CcmA  44.62 
 
 		 205 aa  127  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0409  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.6 
 
 		 204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.71 
 
 		 226 aa  125  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  42.25 
 
 		 229 aa  125  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  41.15 
 
 		 215 aa  123  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.45 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  40.19 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.27 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  43.24 
 
 		 212 aa  119  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.8 
 
 		 207 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.23 
 
 		 216 aa  118  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  35.82 
 
 		 201 aa  118  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  42.16 
 
 		 216 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.13 
 
 		 216 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 		 216 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0205  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.63 
 
 		 201 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0526934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.37 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.37 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  40.53 
 
 		 212 aa  115  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.37 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.37 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 		 204 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  40.1 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.55 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.95 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.53 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4989  heme exporter protein CcmA  37.69 
 
 		 204 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.9 
 
 		 206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.53 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  37.1 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  36.5 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.17 
 
 		 200 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  35.86 
 
 		 210 aa  111  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.13 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0918  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.17 
 
 		 200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.87 
 
 		 208 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  35.71 
 
 		 214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.37 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  36.27 
 
 		 236 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.79 
 
 		 217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.89 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  37.02 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.6 
 
 		 218 aa  109  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.21 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.6 
 
 		 218 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.6 
 
 		 218 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 		 209 aa  108  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  41.45 
 
 		 230 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.9 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.21 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.22 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  31.89 
 
 		 207 aa  106  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  37.2 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  31.47 
 
 		 212 aa  105  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0381  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.52 
 
 		 189 aa  104  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.22 
 
 		 234 aa  104  9e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.04 
 
 		 205 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0519  molybdenum-pterin binding domain-containing protein  35.05 
 
 		 364 aa  104  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.629407  normal  0.744926 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.47 
 
 		 227 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  37.93 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  40.86 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2164  heme exporter protein CcmA  35.9 
 
 		 255 aa  103  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  39.02 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.38 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.38 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  36.51 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  36.51 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.51 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.27 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.51 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.51 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  36.51 
 
 		 207 aa  102  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.27 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.51 
 
 		 205 aa  102  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.27 
 
 		 210 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  38.33 
 
 		 188 aa  101  7e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.98 
 
 		 205 aa  101  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.14 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>