More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0381 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0381  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
189 aa  364  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  73.02 
 
 
200 aa  260  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  71.96 
 
 
200 aa  257  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  70.9 
 
 
200 aa  254  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0322  cytochrome c biogenesis protein CcmA  70.74 
 
 
200 aa  234  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0409  cytochrome c biogenesis protein CcmA  69.63 
 
 
204 aa  228  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  58.33 
 
 
213 aa  199  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0205  cytochrome c biogenesis protein CcmA  71.81 
 
 
201 aa  197  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0526934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  59.26 
 
 
215 aa  194  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55 
 
 
205 aa  188  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  58.2 
 
 
216 aa  188  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  58.73 
 
 
215 aa  187  9e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  57.45 
 
 
215 aa  184  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.85 
 
 
215 aa  181  7e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.21 
 
 
202 aa  181  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  55.56 
 
 
212 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.3 
 
 
218 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.19 
 
 
221 aa  171  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  51.58 
 
 
202 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.44 
 
 
215 aa  169  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.88 
 
 
215 aa  167  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  52.94 
 
 
212 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.73 
 
 
207 aa  164  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  51.31 
 
 
207 aa  157  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4989  heme exporter protein CcmA  48.44 
 
 
204 aa  154  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.46 
 
 
208 aa  149  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1180  heme exporter protein CcmA  52.63 
 
 
205 aa  144  8.000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.74 
 
 
205 aa  140  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0999  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.52 
 
 
204 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15365  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.2 
 
 
210 aa  135  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.11 
 
 
212 aa  134  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  40.64 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.66 
 
 
211 aa  132  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.46 
 
 
217 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.59 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.82 
 
 
226 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
206 aa  124  8.000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.02 
 
 
210 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  45.11 
 
 
229 aa  123  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.02 
 
 
210 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.2 
 
 
211 aa  123  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  39.44 
 
 
204 aa  122  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.27 
 
 
209 aa  123  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.44 
 
 
210 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0040  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.6 
 
 
233 aa  122  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.37 
 
 
205 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  36.84 
 
 
205 aa  122  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  38.62 
 
 
212 aa  122  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  44.57 
 
 
236 aa  120  9e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.74 
 
 
207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  38.95 
 
 
214 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  38.95 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.56 
 
 
226 aa  118  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.36 
 
 
208 aa  118  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.02 
 
 
214 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.04 
 
 
218 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.08 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.02 
 
 
214 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.04 
 
 
218 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.04 
 
 
218 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  38.5 
 
 
215 aa  115  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  41.9 
 
 
225 aa  114  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
205 aa  112  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.89 
 
 
216 aa  112  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
208 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
207 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  40.72 
 
 
207 aa  111  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
208 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
208 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
207 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
208 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
207 aa  111  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
207 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.62 
 
 
216 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.75 
 
 
207 aa  111  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.08 
 
 
200 aa  111  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.62 
 
 
216 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  41.71 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0918  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.08 
 
 
200 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  38.3 
 
 
207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.92 
 
 
216 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  38.3 
 
 
207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.7 
 
 
216 aa  109  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.3 
 
 
205 aa  108  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  38.38 
 
 
210 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.78 
 
 
214 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.22 
 
 
215 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.62 
 
 
234 aa  107  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  40.34 
 
 
212 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>