More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3084 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
207 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  66.99 
 
 
215 aa  264  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  65.05 
 
 
215 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  61.76 
 
 
221 aa  251  7e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3358  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.17 
 
 
202 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.502748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.47 
 
 
218 aa  202  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.47 
 
 
215 aa  201  6e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.48 
 
 
205 aa  200  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.51 
 
 
200 aa  177  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.28 
 
 
200 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  50.73 
 
 
212 aa  176  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  48.29 
 
 
215 aa  175  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  49.75 
 
 
216 aa  174  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.77 
 
 
200 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  49.01 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.69 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  49.01 
 
 
215 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0322  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50 
 
 
200 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  46.04 
 
 
213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0409  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.97 
 
 
204 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  47.29 
 
 
212 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  48.44 
 
 
202 aa  157  1e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3853  heme exporter protein CcmA  46.34 
 
 
207 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.113867  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1180  heme exporter protein CcmA  46.34 
 
 
205 aa  144  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  45.08 
 
 
225 aa  143  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  41.5 
 
 
214 aa  143  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0205  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50 
 
 
201 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0526934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0381  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.82 
 
 
189 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.59 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.78 
 
 
211 aa  135  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  39.71 
 
 
201 aa  135  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  38.14 
 
 
205 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  44.78 
 
 
229 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.14 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.58 
 
 
218 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 
207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.9 
 
 
212 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.34 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1413  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.75 
 
 
210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.767688  normal  0.925167 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.34 
 
 
218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.11 
 
 
205 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.31 
 
 
211 aa  127  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.05 
 
 
210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.19 
 
 
204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.05 
 
 
210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.6 
 
 
212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.83 
 
 
208 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.69 
 
 
210 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  37.76 
 
 
236 aa  125  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.34 
 
 
215 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  39.68 
 
 
212 aa  125  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1855  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.95 
 
 
205 aa  125  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.125429  normal  0.876599 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.06 
 
 
206 aa  123  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.68 
 
 
211 aa  123  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.72 
 
 
214 aa  123  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.69 
 
 
210 aa  123  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.82 
 
 
216 aa  122  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
210 aa  122  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  35.12 
 
 
223 aa  122  5e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0999  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.16 
 
 
204 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15365  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  39.9 
 
 
207 aa  121  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.95 
 
 
217 aa  121  9e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.54 
 
 
226 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  40.93 
 
 
210 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  38.81 
 
 
215 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  41.38 
 
 
230 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.49 
 
 
226 aa  120  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 
233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.73 
 
 
209 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.14 
 
 
216 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0948  Heme exporter protein CcmA  44.88 
 
 
216 aa  118  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.589324  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
216 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 
234 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  38.42 
 
 
212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.83 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.29 
 
 
219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1119  heme exporter protein CcmA  35.47 
 
 
191 aa  115  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.927557  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  40.49 
 
 
236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.54 
 
 
217 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.56 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.56 
 
 
214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  37.97 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  112  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.19 
 
 
215 aa  113  3e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  40 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  40 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
205 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  40 
 
 
207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.5 
 
 
216 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
211 aa  111  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>