More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4327 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 		 210 aa  416  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 		 210 aa  416  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  99.52 
 
 		 210 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  90.95 
 
 		 210 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.1 
 
 		 211 aa  338  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.69 
 
 		 233 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.69 
 
 		 234 aa  333  9e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78.74 
 
 		 214 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  76.7 
 
 		 211 aa  314  5e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  74.27 
 
 		 212 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  70.62 
 
 		 215 aa  293  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.97 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.5 
 
 		 219 aa  194  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.26 
 
 		 204 aa  194  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.23 
 
 		 207 aa  189  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.49 
 
 		 212 aa  190  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.25 
 
 		 218 aa  188  5.999999999999999e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.75 
 
 		 218 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  48.76 
 
 		 212 aa  185  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.26 
 
 		 205 aa  184  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  50.26 
 
 		 223 aa  182  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.26 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  48.28 
 
 		 205 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.4 
 
 		 205 aa  177  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  53.2 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.91 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.2 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.2 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.2 
 
 		 205 aa  176  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  53.2 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  53.2 
 
 		 207 aa  176  3e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.58 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 		 216 aa  175  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.71 
 
 		 205 aa  174  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.26 
 
 		 206 aa  174  8e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.15 
 
 		 216 aa  174  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.7 
 
 		 216 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50 
 
 		 216 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 		 208 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 		 208 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.42 
 
 		 216 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.42 
 
 		 216 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.89 
 
 		 216 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 		 216 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.89 
 
 		 217 aa  170  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.24 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 		 216 aa  169  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.24 
 
 		 205 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.74 
 
 		 207 aa  167  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.74 
 
 		 207 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.74 
 
 		 207 aa  167  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.12 
 
 		 217 aa  167  8e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.74 
 
 		 207 aa  167  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.79 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  43.07 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.84 
 
 		 216 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  47.12 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.74 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  46.15 
 
 		 225 aa  157  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.83 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.57 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  46.81 
 
 		 188 aa  152  5e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  44.5 
 
 		 215 aa  151  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  43.56 
 
 		 201 aa  144  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  42.86 
 
 		 204 aa  144  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.79 
 
 		 214 aa  144  8.000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.9 
 
 		 226 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.79 
 
 		 214 aa  144  8.000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  49.39 
 
 		 178 aa  142  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.57 
 
 		 206 aa  141  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  42.45 
 
 		 202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  41.63 
 
 		 210 aa  138  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1544  heme exporter protein CcmA  45.6 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123842 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2164  heme exporter protein CcmA  43.16 
 
 		 255 aa  132  5e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.07 
 
 		 215 aa  131  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.722912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  44.04 
 
 		 236 aa  131  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  45.26 
 
 		 230 aa  131  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.96 
 
 		 205 aa  131  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  44.62 
 
 		 207 aa  131  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.13 
 
 		 207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.91 
 
 		 200 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  40.31 
 
 		 210 aa  128  5.0000000000000004e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  41.94 
 
 		 229 aa  128  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  37.37 
 
 		 214 aa  128  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.584644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.4 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.15 
 
 		 215 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  44.33 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  42.31 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3739  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.14 
 
 		 215 aa  124  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0589  heme exporter protein CcmA  47.06 
 
 		 214 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.31 
 
 		 211 aa  124  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  42.31 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  41.62 
 
 		 212 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>