More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0179 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.72 
 
 
216 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.72 
 
 
216 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.72 
 
 
216 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.72 
 
 
216 aa  378  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.72 
 
 
216 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  86.54 
 
 
216 aa  374  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  83.8 
 
 
216 aa  374  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.26 
 
 
216 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  81.02 
 
 
216 aa  370  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  81.48 
 
 
216 aa  367  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  82.87 
 
 
216 aa  369  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.56 
 
 
216 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  79.26 
 
 
217 aa  360  6e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  80.48 
 
 
216 aa  356  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  76.26 
 
 
227 aa  322  4e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  66.03 
 
 
219 aa  286  1e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.37 
 
 
226 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  53.69 
 
 
212 aa  223  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55.61 
 
 
204 aa  214  7e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.63 
 
 
218 aa  209  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55.12 
 
 
218 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.33 
 
 
217 aa  207  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.63 
 
 
218 aa  206  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.9 
 
 
207 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.14 
 
 
205 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  52.68 
 
 
205 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  52.2 
 
 
207 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  52.2 
 
 
205 aa  191  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.2 
 
 
205 aa  191  9e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.2 
 
 
205 aa  191  9e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.98 
 
 
206 aa  191  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  52.2 
 
 
207 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.2 
 
 
205 aa  191  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.2 
 
 
205 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 
205 aa  189  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 
205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 
210 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  46.45 
 
 
236 aa  183  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 
208 aa  180  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.25 
 
 
208 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.49 
 
 
207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.26 
 
 
208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.74 
 
 
208 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.5 
 
 
207 aa  178  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.99 
 
 
207 aa  178  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.99 
 
 
207 aa  178  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.99 
 
 
205 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.99 
 
 
207 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  50.77 
 
 
223 aa  177  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.17 
 
 
211 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.15 
 
 
210 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.15 
 
 
210 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.15 
 
 
210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.85 
 
 
211 aa  173  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.67 
 
 
214 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.55 
 
 
208 aa  170  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.92 
 
 
233 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.89 
 
 
210 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.23 
 
 
234 aa  168  7e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.44 
 
 
212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  43.88 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
215 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  44 
 
 
204 aa  161  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.04 
 
 
204 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.71 
 
 
206 aa  160  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  43.09 
 
 
188 aa  158  7e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  41.45 
 
 
201 aa  154  9e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  42.36 
 
 
215 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  40.1 
 
 
210 aa  148  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  39.39 
 
 
225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  40.49 
 
 
220 aa  142  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  38.46 
 
 
229 aa  140  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.38 
 
 
209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.1 
 
 
200 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40 
 
 
200 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.86 
 
 
214 aa  135  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.86 
 
 
214 aa  135  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.22 
 
 
211 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.45 
 
 
226 aa  132  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  40.33 
 
 
178 aa  131  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  37.02 
 
 
213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.53 
 
 
200 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.42 
 
 
221 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  37.98 
 
 
207 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  36.79 
 
 
236 aa  127  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.27 
 
 
234 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  40.5 
 
 
212 aa  126  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  35.1 
 
 
228 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0948  Heme exporter protein CcmA  39.7 
 
 
216 aa  124  9e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.589324  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
215 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1829  ABC exporter, ATPase subunit CcmA  39.29 
 
 
209 aa  122  4e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.11 
 
 
218 aa  121  8e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.06 
 
 
215 aa  121  9e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.94 
 
 
211 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.54 
 
 
207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.32 
 
 
205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0589  heme exporter protein CcmA  39.38 
 
 
214 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  37.88 
 
 
230 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  38.83 
 
 
215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>