More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0263 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
216 aa  442  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  95.37 
 
 
216 aa  430  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  94.91 
 
 
216 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  95.37 
 
 
216 aa  427  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  93.06 
 
 
216 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  93.06 
 
 
216 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  93.06 
 
 
216 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  93.06 
 
 
216 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  91.67 
 
 
216 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.83 
 
 
217 aa  384  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  86.54 
 
 
216 aa  374  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  85.58 
 
 
216 aa  370  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  83.41 
 
 
216 aa  371  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  84.13 
 
 
216 aa  366  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  81.99 
 
 
216 aa  361  6e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  75.25 
 
 
227 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  66.5 
 
 
219 aa  290  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  54.68 
 
 
212 aa  224  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.37 
 
 
226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55.39 
 
 
207 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.66 
 
 
204 aa  212  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.63 
 
 
218 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  55.12 
 
 
218 aa  212  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  54.63 
 
 
218 aa  209  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.88 
 
 
217 aa  206  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.62 
 
 
205 aa  205  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  52.94 
 
 
205 aa  204  6e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.32 
 
 
206 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 
210 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  50.24 
 
 
207 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  3e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  50.24 
 
 
207 aa  182  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
205 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
205 aa  181  8.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  44.81 
 
 
236 aa  176  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 
210 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 
210 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.47 
 
 
210 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.63 
 
 
211 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.12 
 
 
210 aa  171  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 
208 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  47.45 
 
 
223 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 
207 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.21 
 
 
208 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.42 
 
 
214 aa  169  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
208 aa  169  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
207 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
207 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
205 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
207 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
208 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.68 
 
 
207 aa  168  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44 
 
 
233 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.41 
 
 
215 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44 
 
 
234 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.16 
 
 
211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.6 
 
 
212 aa  159  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  42.93 
 
 
212 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.41 
 
 
208 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  43.72 
 
 
188 aa  156  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  43.98 
 
 
204 aa  152  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  43.01 
 
 
215 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  40.41 
 
 
201 aa  149  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  40.5 
 
 
210 aa  148  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.19 
 
 
206 aa  148  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.67 
 
 
204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  39.9 
 
 
225 aa  145  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  40.49 
 
 
220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.57 
 
 
209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  39.57 
 
 
229 aa  135  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.58 
 
 
214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.42 
 
 
215 aa  132  5e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.05 
 
 
200 aa  131  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.42 
 
 
234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.79 
 
 
211 aa  127  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.53 
 
 
200 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  39.78 
 
 
178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  38.81 
 
 
207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.67 
 
 
226 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5768  heme exporter protein CcmA  41.12 
 
 
212 aa  125  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 
200 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  36.27 
 
 
236 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.67 
 
 
221 aa  122  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0918  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.33 
 
 
200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  33.33 
 
 
200 aa  119  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.9 
 
 
218 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  40 
 
 
215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  34.13 
 
 
228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1822  heme exporter protein CcmA  33.84 
 
 
194 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.99348  normal  0.178164 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.57 
 
 
207 aa  116  3e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  40.1 
 
 
216 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  39.58 
 
 
215 aa  115  5e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1404  heme exporter protein CcmA  35.03 
 
 
213 aa  115  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0213  heme exporter protein CcmA  40.11 
 
 
230 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.256595  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2647  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.13 
 
 
211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122197  normal  0.0114626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>