More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2349 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  100 
 
 
205 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  99.02 
 
 
205 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  98.54 
 
 
207 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  98.54 
 
 
205 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  98.54 
 
 
205 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  98.54 
 
 
205 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  98.54 
 
 
205 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  98.54 
 
 
207 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  97.56 
 
 
205 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  77.56 
 
 
207 aa  305  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  77.94 
 
 
208 aa  305  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78.05 
 
 
207 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78.05 
 
 
208 aa  304  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  77.56 
 
 
207 aa  304  6e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  77.94 
 
 
208 aa  303  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  79 
 
 
205 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  79 
 
 
207 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78.5 
 
 
207 aa  301  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  78 
 
 
208 aa  301  4.0000000000000003e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  59.02 
 
 
206 aa  247  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  58.05 
 
 
210 aa  243  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  58.05 
 
 
226 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  56.59 
 
 
218 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  56.59 
 
 
218 aa  228  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  57.14 
 
 
207 aa  225  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  56.1 
 
 
218 aa  224  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.43 
 
 
204 aa  219  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  54.41 
 
 
205 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.69 
 
 
205 aa  215  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  50.96 
 
 
212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.71 
 
 
216 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.49 
 
 
216 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.22 
 
 
216 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.73 
 
 
216 aa  201  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.51 
 
 
217 aa  200  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.49 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.76 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.24 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  50.97 
 
 
223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.78 
 
 
217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.4 
 
 
210 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.4 
 
 
210 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.5 
 
 
216 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.4 
 
 
210 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  47.78 
 
 
236 aa  193  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.96 
 
 
214 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.98 
 
 
211 aa  192  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.46 
 
 
210 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.01 
 
 
216 aa  192  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.28 
 
 
215 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.02 
 
 
219 aa  191  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.48 
 
 
233 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  51.21 
 
 
211 aa  189  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.48 
 
 
234 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  50.24 
 
 
212 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.22 
 
 
227 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  47.47 
 
 
201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  47.72 
 
 
215 aa  182  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.47 
 
 
212 aa  178  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.81 
 
 
204 aa  178  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.84 
 
 
208 aa  175  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  48.39 
 
 
204 aa  173  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  47.75 
 
 
188 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  47.98 
 
 
225 aa  169  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.87 
 
 
206 aa  164  8e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  42.19 
 
 
210 aa  158  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  50.31 
 
 
178 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.59 
 
 
209 aa  149  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.59 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.59 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.5 
 
 
221 aa  145  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2759  heme exporter protein CcmA  45.36 
 
 
216 aa  143  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2385  heme exporter protein CcmA  44.78 
 
 
207 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00141503  hitchhiker  0.0000187001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2860  heme exporter protein CcmA  43.81 
 
 
215 aa  142  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2635  heme exporter protein CcmA  43.81 
 
 
215 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  40.93 
 
 
229 aa  142  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.88 
 
 
211 aa  142  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0175  heme exporter protein CcmA  43.48 
 
 
215 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.25008  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  43.52 
 
 
236 aa  141  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  40.29 
 
 
220 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3663  heme exporter protein CcmA  46.07 
 
 
212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666894  hitchhiker  0.00457456 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0106  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.36 
 
 
205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.557498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0524  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.09 
 
 
200 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0092  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.84 
 
 
218 aa  138  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0094  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.84 
 
 
215 aa  138  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0918  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
200 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.18 
 
 
200 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0292  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.88 
 
 
200 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0314378 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2164  heme exporter protein CcmA  41.79 
 
 
255 aa  136  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.74 
 
 
226 aa  135  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0200  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.06 
 
 
200 aa  134  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0402446  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0948  Heme exporter protein CcmA  42.93 
 
 
216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.589324  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1829  ABC exporter, ATPase subunit CcmA  41.62 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1284  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.07 
 
 
208 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.339928  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  40.4 
 
 
210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>