More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3256 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3256  heme exporter protein CcmA  100 
 
 
178 aa  368  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03074  ATP binding protein of heme exporter A  53.63 
 
 
236 aa  196  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0395  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.8 
 
 
218 aa  167  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.183524 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1645  cytochrome c biogenesis protein CcmA  46.99 
 
 
207 aa  166  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1496  cytochrome c biogenesis protein CcmA  53.42 
 
 
218 aa  166  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3391  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.17 
 
 
226 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.371067  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03135  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.78 
 
 
205 aa  164  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1387  cytochrome c biogenesis protein CcmA  52.8 
 
 
218 aa  163  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2281  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.56 
 
 
204 aa  160  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002841  cytochrome c biogenesis ATPase component CcmA  44.58 
 
 
205 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3024  heme exporter protein CcmA  46.95 
 
 
212 aa  155  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2791  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.17 
 
 
214 aa  155  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324914  normal  0.539608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30450  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.86 
 
 
211 aa  153  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1540  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.39 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4327  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.39 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3653  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.17 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4287  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.09 
 
 
216 aa  151  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000142733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3896  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.39 
 
 
210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102896  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2424  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.15 
 
 
210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  45.61 
 
 
217 aa  150  8e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2728  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.83 
 
 
206 aa  150  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0954  heme exporter protein CcmA  47.13 
 
 
188 aa  149  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4004  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.1 
 
 
208 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45380  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48 
 
 
233 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1577  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.83 
 
 
211 aa  148  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3852  cytochrome c biogenesis protein CcmA  47.43 
 
 
234 aa  147  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0190  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.54 
 
 
216 aa  147  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000146102  hitchhiker  0.00172001 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3415  heme exporter protein CcmA  45.78 
 
 
204 aa  146  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3635  heme exporter protein CcmA  49.39 
 
 
212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0245  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.65 
 
 
217 aa  145  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000419227  hitchhiker  0.00343887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1034  cytochrome c biogenesis protein CcmA  44.32 
 
 
219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.359278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4659  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.99 
 
 
216 aa  144  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000171074 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4024  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131929  hitchhiker  0.0000298628 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00963254  normal  0.11492 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0228  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000507963  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0179  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  140  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3727  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.88 
 
 
216 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.549494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02128  heme exporter subunit  50.31 
 
 
207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.854384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1458  heme exporter protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2349  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02087  hypothetical protein  50.31 
 
 
207 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.809709  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0740  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3338  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2339  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1449  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.44 
 
 
216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0147409  unclonable  0.0000000000310337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0226  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.44 
 
 
216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0055541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0231  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.44 
 
 
216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.196504  unclonable  0.0000000000426589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0215  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.23 
 
 
216 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0686674  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2500  cytochrome c biogenesis protein CcmA  50.31 
 
 
205 aa  139  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0263  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.33 
 
 
216 aa  136  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3569  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.11 
 
 
227 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.191066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3393  cytochrome c biogenesis protein CcmA  43.9 
 
 
215 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3991  cytochrome c biogenesis protein CcmA  42.86 
 
 
204 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1518  heme exporter protein CcmA  44.17 
 
 
215 aa  133  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1383  heme exporter protein CcmA  44.1 
 
 
201 aa  132  3e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.288119  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2480  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.07 
 
 
207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4030  cytochrome c biogenesis protein CcmA  49.07 
 
 
205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2597  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
207 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.984357  normal  0.326318 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4209  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4151  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2389  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
207 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4047  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2438  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
207 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.065124  normal  0.512058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4102  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
208 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2494  cytochrome c biogenesis protein CcmA  48.45 
 
 
207 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277722 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1364  heme exporter protein CcmA  42.07 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00865  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.1 
 
 
214 aa  123  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.238062  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06062  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.1 
 
 
214 aa  123  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0966414  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1866  ATP binding protein of heme exporter A  42.6 
 
 
223 aa  122  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1960  cytochrome c biogenesis protein CcmA  41.72 
 
 
212 aa  122  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2699  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.91 
 
 
209 aa  121  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0045  heme exporter protein CcmA  39.2 
 
 
210 aa  121  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1217  cytochrome c biogenesis protein CcmA  40.61 
 
 
206 aa  119  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1560  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.2 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0600798  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1617  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.64 
 
 
234 aa  114  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0182148  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4060  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.35 
 
 
211 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.438117  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1829  ABC exporter, ATPase subunit CcmA  39.76 
 
 
209 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0887  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.9 
 
 
200 aa  111  7.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0918  cytochrome c biogenesis protein CcmA  36.9 
 
 
200 aa  110  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1683  heme exporter protein CcmA  37.5 
 
 
236 aa  110  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4766  cytochrome c biogenesis protein CcmA  39.63 
 
 
226 aa  110  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2164  heme exporter protein CcmA  41.57 
 
 
255 aa  110  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1215  heme ABC export system, ATP-binding protein CcmA  35.8 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2113  heme exporter protein CcmA  38.55 
 
 
213 aa  108  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0370  ABC heme exporter, ATPase subunit CcmA  34.72 
 
 
228 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000684252 
 
 
-
 
NC_002978  WD0411  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.86 
 
 
207 aa  107  1e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3508  heme exporter protein CcmA  39.08 
 
 
202 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00280297 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0708  cytochrome c biogenesis protein CcmA  38.12 
 
 
210 aa  102  3e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3084  cytochrome c biogenesis protein CcmA  37.72 
 
 
207 aa  101  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0295  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.48 
 
 
217 aa  100  1e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.831759  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2059  heme exporter protein CcmA  36.97 
 
 
229 aa  99.8  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0459  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.38 
 
 
212 aa  97.8  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.573877  normal  0.123941 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4188  cytochrome c biogenesis protein CcmA  35.71 
 
 
221 aa  97.1  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1544  heme exporter protein CcmA  36.52 
 
 
234 aa  96.7  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.123842 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1801  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.38 
 
 
210 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0447  cytochrome c biogenesis protein CcmA  34.38 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2847  heme exporter protein CcmA  37.58 
 
 
210 aa  95.5  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0803665  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2860  heme exporter protein CcmA  35.5 
 
 
214 aa  95.5  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.584644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>