268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0028 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.23 
 
 
1022 aa  915    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  47.96 
 
 
1210 aa  728    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.29 
 
 
855 aa  961    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  56.03 
 
 
1040 aa  1176    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  52.12 
 
 
1042 aa  1011    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.19 
 
 
1045 aa  1180    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.26 
 
 
1003 aa  724    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.2 
 
 
1032 aa  957    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  60.49 
 
 
1068 aa  1317    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  47.7 
 
 
1044 aa  971    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.33 
 
 
1084 aa  1195    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  43.57 
 
 
1084 aa  910    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  60.28 
 
 
1044 aa  1326    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  47.6 
 
 
1051 aa  971    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.88 
 
 
1085 aa  669    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.93 
 
 
1042 aa  958    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1046 aa  2141    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.27 
 
 
1067 aa  950    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.19 
 
 
1068 aa  716    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  52.03 
 
 
1028 aa  1016    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.11 
 
 
1034 aa  1197    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  57.92 
 
 
1028 aa  1216    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.73 
 
 
1074 aa  963    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.62 
 
 
1029 aa  999    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.3 
 
 
1046 aa  967    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.2 
 
 
1032 aa  955    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.72 
 
 
1074 aa  636    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.07 
 
 
1053 aa  920    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.49 
 
 
1035 aa  691    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.78 
 
 
1040 aa  929    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.5 
 
 
1079 aa  943    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  57.62 
 
 
1084 aa  1225    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.49 
 
 
1003 aa  725    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  57.73 
 
 
1026 aa  1201    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  45.23 
 
 
1022 aa  915    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.51 
 
 
1041 aa  800    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  60.21 
 
 
1052 aa  1304    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.35 
 
 
1029 aa  1197    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.83 
 
 
1070 aa  961    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.86 
 
 
1060 aa  1009    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  41.58 
 
 
1031 aa  844    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.65 
 
 
1044 aa  908    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  57.25 
 
 
1061 aa  1209    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  59.32 
 
 
539 aa  632  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36 
 
 
1061 aa  621  1e-176  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.62 
 
 
1072 aa  616  1e-175  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.26 
 
 
1097 aa  611  1e-173  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  34.74 
 
 
1066 aa  585  1.0000000000000001e-165  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.06 
 
 
1060 aa  503  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  31.19 
 
 
1060 aa  488  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  31.4 
 
 
1088 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.08 
 
 
1077 aa  431  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.67 
 
 
1046 aa  425  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.88 
 
 
1065 aa  422  1e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.8 
 
 
1046 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  30.04 
 
 
1076 aa  416  1e-114  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.12 
 
 
1068 aa  411  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.13 
 
 
1012 aa  410  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.27 
 
 
1010 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.05 
 
 
1079 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.54 
 
 
1044 aa  385  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.37 
 
 
1022 aa  379  1e-103  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  29.79 
 
 
1059 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.91 
 
 
1042 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  29.52 
 
 
1033 aa  371  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.71 
 
 
1108 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.71 
 
 
1108 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.55 
 
 
920 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  28.65 
 
 
1072 aa  353  7e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.68 
 
 
967 aa  353  1e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.68 
 
 
967 aa  353  1e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.14 
 
 
1075 aa  352  3e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.36 
 
 
1053 aa  345  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.24 
 
 
1111 aa  338  2.9999999999999997e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.61 
 
 
1000 aa  334  6e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.17 
 
 
1067 aa  332  2e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31 
 
 
1067 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.28 
 
 
1000 aa  328  3e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.85 
 
 
1067 aa  326  1e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.24 
 
 
993 aa  326  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.7 
 
 
995 aa  322  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  32.55 
 
 
984 aa  313  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.55 
 
 
984 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.86 
 
 
1110 aa  312  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.64 
 
 
1089 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  31.63 
 
 
1421 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.44 
 
 
1042 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.37 
 
 
982 aa  294  6e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  26.11 
 
 
1179 aa  288  2.9999999999999996e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.61 
 
 
1087 aa  288  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.02 
 
 
1403 aa  284  5.000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.24 
 
 
1020 aa  281  3e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.73 
 
 
965 aa  281  4e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.49 
 
 
986 aa  281  6e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.74 
 
 
1006 aa  277  7e-73  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.27 
 
 
974 aa  277  8e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  30.91 
 
 
1061 aa  276  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.43 
 
 
1084 aa  276  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.1 
 
 
1020 aa  275  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.86 
 
 
981 aa  275  4.0000000000000004e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>