More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0014 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  76.06 
 
 		 457 aa  695    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  72.36 
 
 		 460 aa  685    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  85.04 
 
 		 450 aa  798    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  72.61 
 
 		 458 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  100 
 
 		 450 aa  919    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  67.19 
 
 		 455 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  58.78 
 
 		 476 aa  523  1e-147  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  57.27 
 
 		 456 aa  503  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  50.22 
 
 		 450 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  51.12 
 
 		 449 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  51.35 
 
 		 473 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  50.45 
 
 		 449 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  50.45 
 
 		 448 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  49.77 
 
 		 446 aa  436  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  44.94 
 
 		 452 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  41.31 
 
 		 454 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.34 
 
 		 453 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  41.48 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  40.41 
 
 		 454 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  40.41 
 
 		 454 aa  348  1e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  40.63 
 
 		 454 aa  347  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  41.31 
 
 		 451 aa  346  4e-94  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.89 
 
 		 453 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  41.89 
 
 		 454 aa  339  5e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.12 
 
 		 462 aa  336  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  41.29 
 
 		 452 aa  335  7e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.5 
 
 		 476 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.34 
 
 		 459 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.57 
 
 		 457 aa  325  9e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.97 
 
 		 450 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.97 
 
 		 450 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.8 
 
 		 457 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.11 
 
 		 452 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  39.64 
 
 		 477 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.65 
 
 		 450 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  41.08 
 
 		 455 aa  320  5e-86  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.34 
 
 		 459 aa  319  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.88 
 
 		 452 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.52 
 
 		 450 aa  318  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  38.72 
 
 		 477 aa  319  7.999999999999999e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  40.86 
 
 		 455 aa  317  2e-85  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.11 
 
 		 465 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.16 
 
 		 451 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.16 
 
 		 460 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.77 
 
 		 454 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.34 
 
 		 452 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.68 
 
 		 438 aa  310  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.03 
 
 		 459 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.18 
 
 		 453 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.18 
 
 		 490 aa  306  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.8 
 
 		 452 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.75 
 
 		 453 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  38.96 
 
 		 454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.25 
 
 		 406 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.82 
 
 		 450 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.81 
 
 		 459 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.33 
 
 		 452 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.86 
 
 		 453 aa  294  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.31 
 
 		 450 aa  291  2e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.4 
 
 		 453 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  41.59 
 
 		 451 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  34.84 
 
 		 483 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  35.78 
 
 		 446 aa  259  1e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  35.49 
 
 		 450 aa  253  5.000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  37.1 
 
 		 446 aa  253  6e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  34.14 
 
 		 456 aa  252  9.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.59 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  33.94 
 
 		 483 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  39.01 
 
 		 452 aa  250  3e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  35.47 
 
 		 445 aa  249  7e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1162  adenylosuccinate lyase  35.14 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  36.01 
 
 		 448 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  40.87 
 
 		 451 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  35.31 
 
 		 449 aa  244  3e-63  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  32.13 
 
 		 471 aa  243  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  35.63 
 
 		 446 aa  243  6e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1121  adenylosuccinate lyase  35.37 
 
 		 447 aa  242  1e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  36.14 
 
 		 451 aa  240  4e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  35.99 
 
 		 449 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  39.8 
 
 		 463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  33.48 
 
 		 456 aa  233  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1217  adenylosuccinate lyase  33.33 
 
 		 457 aa  231  2e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0739358  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  35.54 
 
 		 449 aa  230  5e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  35.86 
 
 		 488 aa  230  5e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.3 
 
 		 462 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1218  adenylosuccinate lyase  35.09 
 
 		 445 aa  226  6e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  34.16 
 
 		 449 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  33.03 
 
 		 448 aa  219  1e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.23 
 
 		 464 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.26 
 
 		 464 aa  218  1e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2746  fumarate lyase  35.46 
 
 		 461 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.382939  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23110  adenylosuccinate lyase  31.41 
 
 		 431 aa  215  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1118  adenylosuccinate lyase  36.34 
 
 		 446 aa  213  7e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.984181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  33.84 
 
 		 446 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.03 
 
 		 404 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.919998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>