More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6136 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6136  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  553  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0756138  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  50 
 
 		 287 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  50.52 
 
 		 287 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  44.68 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  43.62 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5242  ABC transporter permease  40.14 
 
 		 288 aa  195  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.157706 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.59 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7090  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  40.93 
 
 		 289 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 290 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  32.53 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.11 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 288 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 288 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  34.14 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 283 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3000  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 534 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825647  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 		 287 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 288 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.53 
 
 		 287 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3492  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  32.88 
 
 		 542 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290236  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2987  ABC transporter inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 547 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.334441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1394  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 524 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22997  normal  0.640869 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4249  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 287 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00770361  hitchhiker  0.0000029415 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 652 aa  115  6e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0998  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 524 aa  115  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3380  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 526 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  30 
 
 		 639 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2312  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 551 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.280528  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  29.59 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3210  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 527 aa  111  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 548 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0657  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.98 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  34.9 
 
 		 336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4185  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 537 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.940988  normal  0.195326 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0949  inner-membrane translocator  31.77 
 
 		 540 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  29.21 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00882  Branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  31.29 
 
 		 538 aa  109  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 287 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.97 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 291 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 290 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  30 
 
 		 642 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3062  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.64 
 
 		 550 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.39 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3509  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 542 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.29113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  27.91 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5511  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.01 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.707108  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.19 
 
 		 558 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1505  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  28 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3701  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 537 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3317  urea ABC transporter, permease protein UrtB  32 
 
 		 545 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321889  normal  0.490137 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 290 aa  105  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4190  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.27 
 
 		 537 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2619  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.19 
 
 		 545 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.098179 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7017  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.91 
 
 		 520 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.470774 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1247  inner-membrane translocator  29.06 
 
 		 307 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0300  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  29.75 
 
 		 642 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.247535  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.16 
 
 		 289 aa  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1795  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 542 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.526146  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0562  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.69 
 
 		 290 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000395918  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0594  urea ABC transporter, permease protein UrtB  30.66 
 
 		 308 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>