More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5242 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5242  ABC transporter permease  100 
 
 		 288 aa  558  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.157706 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  41.34 
 
 		 287 aa  222  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7090  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  48.19 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6136  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 290 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0756138  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  38.43 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.88 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.88 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 290 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 652 aa  125  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.66 
 
 		 290 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  35.37 
 
 		 325 aa  122  7e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 295 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 285 aa  119  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 283 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.19 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  31.21 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0400  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  29.41 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.07 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.99 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26120  ABC-transporter permease protein  33.22 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000346731  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0611  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 304 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 287 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 290 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 288 aa  112  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.86 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  31.4 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 288 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  31.42 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  27.49 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 291 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.69 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 290 aa  109  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  27.57 
 
 		 309 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2105  inner-membrane translocator  25.83 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  28.52 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2284  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3172  inner-membrane translocator  28.38 
 
 		 309 aa  106  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538875  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 304 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  30.31 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2204  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 639 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  28.14 
 
 		 307 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1288  inner-membrane translocator  25.5 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4378  inner-membrane translocator  27.49 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.324471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4485  inner-membrane translocator  30.17 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.19585  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  30.51 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 382 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  28.1 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  32.13 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0994  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 642 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 289 aa  103  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  26.44 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  27.24 
 
 		 338 aa  102  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 304 aa  102  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4606  urea ABC transporter, permease protein UrtB  31.01 
 
 		 558 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.38 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  28.07 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>