More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5994 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 290 aa  560  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  72.76 
 
 		 290 aa  421  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  59.11 
 
 		 290 aa  333  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  58.74 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  42.51 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  41.49 
 
 		 288 aa  208  9e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  41.13 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  41.13 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.78 
 
 		 288 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  38.99 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.59 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.59 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  40.55 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 287 aa  193  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.08 
 
 		 288 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.19 
 
 		 288 aa  188  7e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  41.02 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.19 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 291 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 292 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 287 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 289 aa  158  9e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  33.92 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  35.34 
 
 		 287 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  34.78 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.45 
 
 		 287 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.97 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  35.59 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 287 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  33.44 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 287 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3399  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0293629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2302  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.418685 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.53 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.44 
 
 		 291 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 603 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.19 
 
 		 603 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 603 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 603 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 603 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.21 
 
 		 293 aa  139  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.65 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0105  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.88 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0099  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.54 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  32.75 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3871  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  33.55 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.911793  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.55 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.55 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1543  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  34.55 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.15 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2501  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.123023 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0907  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.794087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4277  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3208  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.805935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 289 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>