More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1139 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  100 
 
 		 287 aa  553  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  92.33 
 
 		 287 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.91 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.07 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 290 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  35 
 
 		 290 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 291 aa  158  8e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 295 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 288 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.1 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.08 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.69 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.08 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.56 
 
 		 287 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.71 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  30.38 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.04 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 290 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 305 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.56 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  32.28 
 
 		 287 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 289 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0229  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  30.17 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.689889 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3552  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  30.68 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2284  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.61 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3323  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  27.4 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 652 aa  122  9e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.06 
 
 		 301 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  31.39 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  27.92 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2934  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.84432  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  29.28 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3095  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19640  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, permease component  32.88 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0105896  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4415  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 309 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.550314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.09 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0728  inner-membrane translocator  29.53 
 
 		 303 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  30.31 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  29.43 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  29.23 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4058  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  29.49 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.81 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5975  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.81 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  30.14 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26120  ABC-transporter permease protein  30.82 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000346731  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  30.51 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  28.81 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  28.62 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.62 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5695  inner-membrane translocator  30.85 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00418313 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  28.19 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2209  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.44 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.396823  normal  0.65944 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.19 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 291 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>