155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1140 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  100 
 
 		 359 aa  724    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  80.78 
 
 		 359 aa  608  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  78.83 
 
 		 359 aa  595  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  77.16 
 
 		 359 aa  585  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  80 
 
 		 345 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  76.88 
 
 		 359 aa  584  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  77.81 
 
 		 356 aa  580  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  76.26 
 
 		 359 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  77.53 
 
 		 356 aa  579  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  68.72 
 
 		 358 aa  513  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  70 
 
 		 352 aa  513  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  54.52 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  50.99 
 
 		 361 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  49.13 
 
 		 362 aa  340  2e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  47.29 
 
 		 356 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  44.03 
 
 		 372 aa  306  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  41.43 
 
 		 353 aa  298  8e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  45.4 
 
 		 354 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  40.46 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  41.57 
 
 		 355 aa  279  6e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  43.59 
 
 		 354 aa  270  4e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  41.76 
 
 		 355 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  40.34 
 
 		 380 aa  264  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  42.17 
 
 		 360 aa  262  8e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  42.61 
 
 		 354 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  41.03 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  41.88 
 
 		 362 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  41.88 
 
 		 354 aa  258  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  42.45 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  42.33 
 
 		 354 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  40.46 
 
 		 352 aa  252  6e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  40.46 
 
 		 352 aa  252  8.000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.04 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  36.75 
 
 		 354 aa  250  3e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  36.75 
 
 		 359 aa  232  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  38.18 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  34.27 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  34.46 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  33.99 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  33.99 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  37.32 
 
 		 351 aa  226  5.0000000000000005e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  33.99 
 
 		 359 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  34.55 
 
 		 359 aa  225  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  42.14 
 
 		 318 aa  225  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  33.99 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  34.27 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  33.71 
 
 		 359 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  34.27 
 
 		 359 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  34.27 
 
 		 359 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  33.99 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  37.6 
 
 		 361 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  35.11 
 
 		 359 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  36.52 
 
 		 354 aa  219  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  34.27 
 
 		 359 aa  219  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  37.33 
 
 		 361 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  33.15 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  36.01 
 
 		 356 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  36.09 
 
 		 365 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  32.58 
 
 		 359 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  32.95 
 
 		 356 aa  205  9e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  37.88 
 
 		 361 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  36.24 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  34.9 
 
 		 352 aa  182  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  32.95 
 
 		 351 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  32.1 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  32.96 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  32.68 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  30.4 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  30.26 
 
 		 354 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  32.47 
 
 		 352 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  32.09 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  31.81 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  29.75 
 
 		 354 aa  162  9e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  28.69 
 
 		 355 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  28.81 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  30 
 
 		 350 aa  159  9e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  28.73 
 
 		 350 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  30.77 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  29.26 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  30.26 
 
 		 351 aa  152  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  28.83 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  24.6 
 
 		 376 aa  123  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  28.96 
 
 		 379 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  27.18 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  29.14 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  24.16 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3019  type IV pilus assembly protein PilM  28.31 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2565  type IV pilus assembly protein PilM  21.45 
 
 		 371 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.21665  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2269  type IV pilus assembly protein PilM  20.87 
 
 		 371 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  23.3 
 
 		 367 aa  96.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  28.62 
 
 		 354 aa  96.3  8e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  25.35 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0383  type IV pili biogenesis protein PilM  37.72 
 
 		 282 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002322  type IV pilus biogenesis protein PilM  22.71 
 
 		 338 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.17332  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  22.05 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4956  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  32.32 
 
 		 293 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5133  type IV pili biogenesis protein PilM  32.75 
 
 		 293 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0047  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  26.3 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1514  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  24.17 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.87892  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5083  type IV pili biogenesis protein PilM, putative  31.4 
 
 		 293 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>