124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2975 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  100 
 
 		 356 aa  723    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  94.66 
 
 		 361 aa  660    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  94.94 
 
 		 361 aa  662    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  73.88 
 
 		 367 aa  521  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  73.88 
 
 		 361 aa  521  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  40.22 
 
 		 359 aa  252  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  38.04 
 
 		 359 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  37.68 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  38.59 
 
 		 361 aa  232  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  37.33 
 
 		 356 aa  231  1e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  37.05 
 
 		 356 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  36.62 
 
 		 358 aa  229  7e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  37.93 
 
 		 359 aa  229  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  37.11 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  34.84 
 
 		 345 aa  225  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  38.33 
 
 		 358 aa  225  9e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  36.01 
 
 		 359 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  35.92 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  35.45 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  33.88 
 
 		 353 aa  202  8e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  34.87 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  32.59 
 
 		 372 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  33.33 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  33.05 
 
 		 354 aa  186  6e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  33.52 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  34.86 
 
 		 352 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  32 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  30.88 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  31.46 
 
 		 355 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  31.48 
 
 		 380 aa  163  3e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  33.33 
 
 		 354 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  34.17 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  31.9 
 
 		 352 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  31.9 
 
 		 352 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  34.08 
 
 		 362 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  33.24 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  32.86 
 
 		 354 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  33.05 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  33.33 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  28.41 
 
 		 351 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  32.57 
 
 		 354 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  28.12 
 
 		 351 aa  149  8e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  31.23 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  32.2 
 
 		 318 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  28.17 
 
 		 356 aa  132  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  26.93 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  28.25 
 
 		 359 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  26.74 
 
 		 359 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  27.59 
 
 		 359 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  27.17 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  27.86 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  27.86 
 
 		 359 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  27.86 
 
 		 359 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  26.85 
 
 		 359 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  26.85 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  26.85 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  28.33 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  26.8 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  26.9 
 
 		 359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  27.61 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  27.3 
 
 		 359 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  29.04 
 
 		 359 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  26.42 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  25.99 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  27.27 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  25.99 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  24.44 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  25.42 
 
 		 350 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  25.71 
 
 		 351 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  26.86 
 
 		 355 aa  105  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  24.51 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  27.27 
 
 		 352 aa  102  9e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  23.88 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  24.51 
 
 		 351 aa  97.4  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  25.21 
 
 		 354 aa  94  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  24.56 
 
 		 392 aa  93.6  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  25.23 
 
 		 352 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  24.79 
 
 		 352 aa  92.8  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  24.79 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  26.82 
 
 		 379 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  24.22 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  26.3 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  24.29 
 
 		 350 aa  87  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  23.25 
 
 		 351 aa  86.7  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  24.18 
 
 		 376 aa  86.7  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  25.23 
 
 		 347 aa  77.4  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  24.18 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  21.71 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  21.92 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1339  type IV pilus assembly protein PilM  25.48 
 
 		 353 aa  69.3  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1037  type IV pilus assembly protein PilM  22.63 
 
 		 348 aa  67  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3019  type IV pilus assembly protein PilM  24.02 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0975  type IV pilus assembly protein PilM  24.32 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2565  type IV pilus assembly protein PilM  20.79 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.21665  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0383  type IV pili biogenesis protein PilM  30.34 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002322  type IV pilus biogenesis protein PilM  21.14 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.17332  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5133  type IV pili biogenesis protein PilM  27.17 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3253  type IV pilus assembly protein PilM  23.94 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1514  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  21.43 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.87892  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17820  type IV pilus assembly protein PilM  23.88 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.61643 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>