180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0281 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  100 
 
 		 359 aa  740    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  98.61 
 
 		 359 aa  732    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  98.61 
 
 		 359 aa  732    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  87.19 
 
 		 359 aa  664    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  99.16 
 
 		 359 aa  736    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  89.42 
 
 		 359 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  92.76 
 
 		 359 aa  697    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  87.74 
 
 		 359 aa  642    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  95.82 
 
 		 359 aa  718    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  93.31 
 
 		 359 aa  699    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  86.07 
 
 		 359 aa  658    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  93.59 
 
 		 359 aa  702    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  82.45 
 
 		 359 aa  638    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  93.31 
 
 		 359 aa  699    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  80.5 
 
 		 359 aa  621  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  76.26 
 
 		 359 aa  595  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  51.53 
 
 		 359 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  44.57 
 
 		 354 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  41.13 
 
 		 380 aa  273  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  39.83 
 
 		 353 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  41.31 
 
 		 355 aa  266  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  37.85 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  39.32 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  41.43 
 
 		 354 aa  256  6e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42 
 
 		 362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  41.14 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  41.43 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  41.43 
 
 		 354 aa  252  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  36.81 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  41.14 
 
 		 352 aa  243  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  36.29 
 
 		 372 aa  243  6e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  40.17 
 
 		 360 aa  242  7.999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  37.32 
 
 		 358 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.64 
 
 		 354 aa  238  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.64 
 
 		 354 aa  238  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  36.24 
 
 		 359 aa  235  8e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  40.51 
 
 		 351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  36.13 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  35.96 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  37.68 
 
 		 356 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  39.89 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  39.89 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  37.43 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  40.23 
 
 		 351 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  34.18 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  35.67 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  34.55 
 
 		 359 aa  225  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  34.83 
 
 		 356 aa  223  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  34.4 
 
 		 362 aa  222  6e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  35.29 
 
 		 356 aa  223  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  36.78 
 
 		 358 aa  222  9e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  35.01 
 
 		 356 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  31.67 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  35.55 
 
 		 345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  33.71 
 
 		 359 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  30.83 
 
 		 376 aa  209  9e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  41.16 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  33.51 
 
 		 365 aa  203  4e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  31.52 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  31.61 
 
 		 351 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  31.73 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  31.92 
 
 		 352 aa  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  28.82 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  29.46 
 
 		 350 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  30.03 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  29.48 
 
 		 350 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  29.48 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  29.83 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  29.06 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  29.55 
 
 		 352 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  28.69 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  28.48 
 
 		 352 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  24.93 
 
 		 351 aa  136  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  30.28 
 
 		 332 aa  136  7.000000000000001e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  27.87 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  27.82 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  27.82 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  26.57 
 
 		 348 aa  123  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  24.64 
 
 		 367 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002322  type IV pilus biogenesis protein PilM  24.71 
 
 		 338 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.17332  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  27.27 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  25.96 
 
 		 378 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  23.85 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  27.17 
 
 		 356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  27.35 
 
 		 367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  25.77 
 
 		 352 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1718  type IV pilus assembly protein PilM  27.07 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  25.33 
 
 		 379 aa  105  8e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  28.01 
 
 		 325 aa  105  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17820  type IV pilus assembly protein PilM  24.36 
 
 		 353 aa  97.4  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.61643 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  26.15 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2716  fimbrial assembly protein PilM  24.43 
 
 		 332 aa  94.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0998  type IV pilus assembly protein PilM  25.61 
 
 		 361 aa  92.8  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1830  type IV pilus assembly protein PilM  23.58 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0258246  normal  0.367696 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1984  type IV pilus assembly protein PilM  26.47 
 
 		 350 aa  89.4  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0434865  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0722  fimbrial assembly family protein  26.03 
 
 		 528 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.48701 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  25.71 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2453  type IV pilus assembly protein PilM  23.65 
 
 		 359 aa  86.7  6e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.237184  hitchhiker  0.0000000165118 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0322  type IV pilus assembly protein PilM  24.26 
 
 		 374 aa  84.3  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>