193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0233 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  82.45 
 
 
359 aa  638    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  642    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  642    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  84.4 
 
 
359 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  82.17 
 
 
359 aa  642    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  640    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  100 
 
 
359 aa  742    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  636    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  83.29 
 
 
359 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  83.01 
 
 
359 aa  637    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  81.89 
 
 
359 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  84.68 
 
 
359 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  81.89 
 
 
359 aa  629  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  77.16 
 
 
359 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  74.3 
 
 
359 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  49.72 
 
 
359 aa  371  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  45.3 
 
 
354 aa  302  7.000000000000001e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  41.26 
 
 
353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  40.28 
 
 
380 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  39.27 
 
 
361 aa  271  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  43.71 
 
 
354 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  43.02 
 
 
355 aa  269  7e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  43.43 
 
 
354 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  38.68 
 
 
372 aa  264  2e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  44 
 
 
354 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  38.76 
 
 
355 aa  262  6.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  42.57 
 
 
352 aa  258  9e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42.57 
 
 
362 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42.57 
 
 
354 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  41.31 
 
 
354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  37.21 
 
 
355 aa  252  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  40.46 
 
 
360 aa  245  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  40.96 
 
 
352 aa  243  5e-63  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  40.29 
 
 
351 aa  242  6e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  40.96 
 
 
352 aa  242  6e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  40.29 
 
 
351 aa  242  9e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  36.47 
 
 
358 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  35.31 
 
 
359 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  35.59 
 
 
359 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  34.46 
 
 
359 aa  238  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  36.44 
 
 
359 aa  236  6e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.93 
 
 
354 aa  235  9e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.93 
 
 
354 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  35.31 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  35.03 
 
 
356 aa  233  5e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  34.48 
 
 
362 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  34.65 
 
 
356 aa  227  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  35.31 
 
 
359 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  34.46 
 
 
359 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  36.18 
 
 
352 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  35.69 
 
 
356 aa  226  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  35.9 
 
 
358 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  35.17 
 
 
345 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  32.78 
 
 
355 aa  219  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  34.38 
 
 
354 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  43.41 
 
 
318 aa  212  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  34.32 
 
 
365 aa  208  1e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  31.1 
 
 
376 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  33.05 
 
 
352 aa  192  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  30.37 
 
 
351 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  30.75 
 
 
351 aa  182  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  31.71 
 
 
351 aa  176  6e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  29.36 
 
 
354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  29.75 
 
 
354 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  28.86 
 
 
350 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  30.23 
 
 
350 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  30.52 
 
 
350 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  29.8 
 
 
352 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  29.8 
 
 
352 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  29.52 
 
 
352 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  28.33 
 
 
351 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  29.86 
 
 
350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  25.8 
 
 
351 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  30.06 
 
 
350 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  30.6 
 
 
332 aa  140  3e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  27.07 
 
 
348 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  28.65 
 
 
361 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  27.78 
 
 
361 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  28.1 
 
 
361 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  23.91 
 
 
392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  25.74 
 
 
378 aa  116  6e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  27.3 
 
 
352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  27.55 
 
 
367 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  29.45 
 
 
325 aa  113  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  26.8 
 
 
356 aa  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002322  type IV pilus biogenesis protein PilM  24.63 
 
 
338 aa  109  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.17332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1718  type IV pilus assembly protein PilM  27.78 
 
 
334 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  23.43 
 
 
367 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  24.87 
 
 
379 aa  105  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  25.56 
 
 
347 aa  95.5  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  25.91 
 
 
354 aa  95.9  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1830  type IV pilus assembly protein PilM  24.15 
 
 
354 aa  94.7  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0258246  normal  0.367696 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17820  type IV pilus assembly protein PilM  23.36 
 
 
353 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.61643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0998  type IV pilus assembly protein PilM  25.41 
 
 
361 aa  92  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1984  type IV pilus assembly protein PilM  25.36 
 
 
350 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0434865  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0722  fimbrial assembly family protein  26.28 
 
 
528 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.48701 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4212  type IV pilus assembly protein PilM  26.07 
 
 
369 aa  86.7  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175207  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4173  type IV pilus assembly protein PilM  26.07 
 
 
369 aa  86.7  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2716  fimbrial assembly protein PilM  23.71 
 
 
332 aa  85.9  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>