155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0467 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  100 
 
 		 359 aa  735    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  51.96 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  52.65 
 
 		 359 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  51.96 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  52.65 
 
 		 359 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  51.53 
 
 		 359 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  51.81 
 
 		 359 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  51.81 
 
 		 359 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  52.23 
 
 		 359 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  51.53 
 
 		 359 aa  387  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  50.7 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  51.53 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  51.12 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  50.7 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  51.4 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  53.33 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  49.72 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  44 
 
 		 354 aa  308  6.999999999999999e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  42.98 
 
 		 353 aa  292  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  44 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  42.74 
 
 		 355 aa  285  7e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  44.29 
 
 		 352 aa  282  6.000000000000001e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  41.5 
 
 		 372 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  41.19 
 
 		 355 aa  279  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42.86 
 
 		 354 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  42.86 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  41.31 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  42.57 
 
 		 354 aa  276  6e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  39.03 
 
 		 355 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  42.57 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  42.57 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  41.31 
 
 		 354 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  39.44 
 
 		 380 aa  265  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  38.24 
 
 		 361 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  40.17 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  39.89 
 
 		 360 aa  252  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  38.46 
 
 		 356 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  39.6 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  36.31 
 
 		 355 aa  247  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  37.64 
 
 		 358 aa  244  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  37.25 
 
 		 354 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  37.29 
 
 		 359 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  43.4 
 
 		 318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  36.96 
 
 		 354 aa  242  7e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  36.9 
 
 		 358 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  35.31 
 
 		 359 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  36.75 
 
 		 359 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  36.15 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  36.16 
 
 		 359 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  37.03 
 
 		 345 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  36.72 
 
 		 359 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  35.59 
 
 		 356 aa  230  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  35.31 
 
 		 356 aa  229  6e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  35.63 
 
 		 352 aa  227  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  35.03 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  35.28 
 
 		 376 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  33.05 
 
 		 356 aa  212  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  33.52 
 
 		 354 aa  204  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  34.88 
 
 		 365 aa  196  6e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  31.5 
 
 		 351 aa  189  8e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  32.47 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  32.76 
 
 		 352 aa  177  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  31.71 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  31.14 
 
 		 350 aa  169  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  30.23 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  31.25 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  28.57 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  29.26 
 
 		 351 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  28.77 
 
 		 350 aa  156  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  31.58 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  31.58 
 
 		 361 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  28.49 
 
 		 351 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  31.52 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  31.23 
 
 		 356 aa  146  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  28 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  27.71 
 
 		 352 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  29.41 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  29.8 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  28.57 
 
 		 352 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  26.67 
 
 		 348 aa  135  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  29.6 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  26.76 
 
 		 354 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  26.83 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  26.16 
 
 		 378 aa  117  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  28.29 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  24.09 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  27.84 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  27.04 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  26.41 
 
 		 325 aa  99.4  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1465  type IV pilus assembly protein PilM  23.99 
 
 		 379 aa  97.1  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00540652  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  23.08 
 
 		 367 aa  96.3  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3019  type IV pilus assembly protein PilM  24.71 
 
 		 348 aa  95.1  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1984  type IV pilus assembly protein PilM  27.45 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0434865  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0322  type IV pilus assembly protein PilM  24.31 
 
 		 374 aa  87  4e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17820  type IV pilus assembly protein PilM  23.43 
 
 		 353 aa  86.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.61643 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2716  fimbrial assembly protein PilM  23.91 
 
 		 332 aa  87  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002322  type IV pilus biogenesis protein PilM  21.65 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.17332  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1514  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  24.6 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.87892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0656  type IV pilus assembly protein PilM  23.4 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000003661  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0975  type IV pilus assembly protein PilM  24.6 
 
 		 374 aa  79.7  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>