165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3407 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  100 
 
 		 352 aa  712    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  85.75 
 
 		 358 aa  630  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  71.35 
 
 		 359 aa  524  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  70 
 
 		 359 aa  514  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  70 
 
 		 359 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  70.57 
 
 		 356 aa  511  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  69.23 
 
 		 359 aa  512  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  68.19 
 
 		 359 aa  511  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  70.29 
 
 		 356 aa  511  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  68.99 
 
 		 345 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  67.33 
 
 		 359 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  54.23 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  50 
 
 		 361 aa  352  5e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  48.1 
 
 		 356 aa  333  4e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  46.97 
 
 		 362 aa  329  4e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  42.24 
 
 		 353 aa  299  5e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  45.27 
 
 		 354 aa  297  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  42.12 
 
 		 372 aa  292  5e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  40.23 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  39.03 
 
 		 355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  41.95 
 
 		 352 aa  259  3e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  40.29 
 
 		 380 aa  259  4e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  41.67 
 
 		 352 aa  259  6e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 355 aa  259  7e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  42.86 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  41.38 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  42.53 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  41.38 
 
 		 354 aa  248  9e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  38.33 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  38.04 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  41.38 
 
 		 360 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  41.48 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  41.48 
 
 		 354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  41.31 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  37.43 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  37.96 
 
 		 359 aa  228  9e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  37.68 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  37.68 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  36.57 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  36.57 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  36.57 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  37.39 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  36.18 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  36.86 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  36 
 
 		 359 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  38.42 
 
 		 365 aa  223  3e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  36.23 
 
 		 359 aa  223  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  35.63 
 
 		 359 aa  223  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  35.45 
 
 		 356 aa  222  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  41.51 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  35.43 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  36.78 
 
 		 361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  35.51 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  36.49 
 
 		 361 aa  219  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  36.86 
 
 		 359 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  35.71 
 
 		 359 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  37.75 
 
 		 351 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  35.92 
 
 		 356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  37.46 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  36.63 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  35.16 
 
 		 361 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  34.58 
 
 		 367 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  31.99 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  34.57 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  31.2 
 
 		 354 aa  171  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  33.05 
 
 		 351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  30.17 
 
 		 355 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  31.74 
 
 		 352 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  30.17 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  30.46 
 
 		 352 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  31.43 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  32.39 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  29.14 
 
 		 351 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  29.58 
 
 		 351 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  32.39 
 
 		 350 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  31.23 
 
 		 351 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  29.23 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  27.95 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  27.91 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  29.8 
 
 		 348 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  27.48 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  29.05 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2739  type IV pilus assembly protein PilM  26.15 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1336  type IV pilus assembly protein PilM  27.88 
 
 		 379 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.384487  normal  0.906324 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  28.62 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2100  type IV pilus assembly protein PilM  26.42 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1725  type IV pilus assembly protein PilM  24.8 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0148781 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06050  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  25.98 
 
 		 352 aa  106  5e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2269  type IV pilus assembly protein PilM  23.48 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3019  type IV pilus assembly protein PilM  27.87 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2565  type IV pilus assembly protein PilM  23.19 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.21665  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1514  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  28.03 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.87892  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1313  type IV pilus assembly protein PilM  25.64 
 
 		 354 aa  99.4  7e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.269732  decreased coverage  0.00550758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0383  type IV pili biogenesis protein PilM  34.86 
 
 		 282 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1465  type IV pilus assembly protein PilM  24.53 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00540652  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2686  type IV pilus assembly protein PilM  23.08 
 
 		 367 aa  92  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000584895  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4956  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  31.84 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0184  type IV pilus assembly protein PilM  23.68 
 
 		 367 aa  87.4  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000394027  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5133  type IV pili biogenesis protein PilM  30.05 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2409  type IV pilus assembly protein PilM  23.91 
 
 		 351 aa  87  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>