119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4956 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4956  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  100 
 
 		 293 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5083  type IV pili biogenesis protein PilM, putative  94.95 
 
 		 293 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5133  type IV pili biogenesis protein PilM  78.5 
 
 		 293 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0383  type IV pili biogenesis protein PilM  50.36 
 
 		 282 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  32.75 
 
 		 355 aa  99  8e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  28.57 
 
 		 356 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  30.77 
 
 		 354 aa  94.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0699  type IV pilus assembly protein PilM  28.57 
 
 		 356 aa  94  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0996  type IV pilus assembly protein PilM  32.62 
 
 		 359 aa  93.2  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  31.21 
 
 		 380 aa  91.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  31.94 
 
 		 358 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  30 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  30.09 
 
 		 359 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  30.95 
 
 		 359 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  30 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1140  type IV pilus assembly protein PilM  32.32 
 
 		 359 aa  90.1  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267286  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  30.11 
 
 		 372 aa  89.4  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0672  type IV pilus assembly protein PilM  29.63 
 
 		 359 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0670531 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3113  fimbrial assembly protein  31.4 
 
 		 358 aa  88.2  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.401806 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3407  type IV pilus assembly protein PilM  31.84 
 
 		 352 aa  88.2  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0209183 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0022  type IV pilus assembly protein PilM  30.93 
 
 		 359 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.738489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2919  type IV pilus assembly protein PilM  32.75 
 
 		 345 aa  86.3  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.813091  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2755  type IV pilus assembly protein PilM  30.81 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  31.11 
 
 		 362 aa  84.3  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  24.41 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0608  type IV pilus assembly protein PilM  32.18 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159327  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  30.66 
 
 		 356 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  28.57 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45300  Type IV pilus assembly protein  33.71 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  31.11 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  33.15 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  29.91 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  29.91 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5132  type IV pilus biogenesis protein PilM  33.71 
 
 		 354 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1883  type IV pilus assembly protein  26.13 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.685272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2173  type IV pilus assembly protein PilM  27.27 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.227783  normal  0.447657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0405  Type IV pilus assembly protein PilM  33.15 
 
 		 354 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000417469  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0403  Type IV pilus assembly protein PilM  33.15 
 
 		 354 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0542  type IV pilus assembly protein PilM  32.58 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  25.61 
 
 		 351 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0989  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  26.32 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  25.14 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4212  type IV pilus assembly protein PilM  24 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4173  type IV pilus assembly protein PilM  24 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0958  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  25.73 
 
 		 354 aa  72  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  25.7 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66660  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  30.9 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.753266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0671  type IV pilus assembly protein PilM  27.32 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  25.21 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1762  type IV pilus assembly protein PilM  29.71 
 
 		 362 aa  70.1  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.35494  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5781  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  30.34 
 
 		 362 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  26.67 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  26.67 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3686  Type IV pilus assembly protein PilM  29.38 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1937  type IV pilus assembly protein PilM  25.58 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  24 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0322  type IV pilus assembly protein PilM  25.13 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  23.98 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  24.43 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  27.54 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  22.87 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  22.87 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  27.54 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  22.87 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  22.83 
 
 		 359 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2453  type IV pilus assembly protein PilM  30.39 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.237184  hitchhiker  0.0000000165118 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  26.35 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  21.91 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  22.87 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  25.58 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3253  type IV pilus assembly protein PilM  27.75 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0537  type IV pilus assembly protein PilM  23.08 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.539462  normal  0.619899 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02355  fimbrial assembly membrane protein  33.88 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.813602  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  25.15 
 
 		 351 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  27.32 
 
 		 348 aa  62.8  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  21.32 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00515  putative Type IV pilus biogenesis protein PilM  25.14 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2906  type IV pilus assembly protein PilM  27.17 
 
 		 361 aa  62.4  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2975  fimbrial type-4 assembly protein  27.75 
 
 		 356 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.28529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  22.51 
 
 		 359 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  25.42 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  21.81 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  21.31 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  21.31 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  21.31 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0396  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  23.44 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917562 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1605  type IV pilus assembly protein PilM  22.86 
 
 		 365 aa  59.7  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  20.79 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1984  type IV pilus assembly protein PilM  30.28 
 
 		 350 aa  57  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0434865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  23.26 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1465  type IV pilus assembly protein PilM  32.77 
 
 		 379 aa  55.8  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00540652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0467  type IV pilus biogenesis protein PilM  23.3 
 
 		 359 aa  55.8  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.183586  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3285  Tfp pilus assembly protein ATPase PilM-like protein  27.92 
 
 		 415 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3971  hypothetical protein  23.56 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.179616  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0220  hypothetical protein  23.56 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3288  type IV pilus assembly protein PilM  24.28 
 
 		 368 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2203  type IV pilus assembly protein PilM  27.88 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3732  hypothetical protein  23.6 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.97054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  20.78 
 
 		 367 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3253  type IV pilus assembly protein PilM  26.09 
 
 		 350 aa  53.1  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>