More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3212 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_4411  peptide chain release factor 3  62.34 
 
 		 541 aa  663    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1516  peptide chain release factor 3  64.6 
 
 		 545 aa  707    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2802  peptide chain release factor 3  63.29 
 
 		 521 aa  664    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06080  peptide chain release factor 3  62.92 
 
 		 544 aa  682    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.38845  normal  0.36917 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0359  peptide chain release factor 3  61.75 
 
 		 542 aa  668    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3212  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 538 aa  1095    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714231  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1328  peptide chain release factor 3  65.03 
 
 		 556 aa  709    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.693943  normal  0.618812 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5464  peptide chain release factor 3  64.1 
 
 		 540 aa  703    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.934757  normal  0.912711 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1529  peptide chain release factor 3  82.19 
 
 		 540 aa  900    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.816656  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1592  peptide chain release factor 3  60.64 
 
 		 527 aa  655    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.383837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1338  peptide chain release factor 3  59.51 
 
 		 528 aa  644    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.476931 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1494  peptide chain release factor 3  64.6 
 
 		 545 aa  707    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1492  peptide chain release factor 3  64.78 
 
 		 569 aa  707    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.473522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0346  peptide chain release factor 3  59.32 
 
 		 537 aa  630  1e-179  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0191  peptide chain release factor 3  57.98 
 
 		 535 aa  612  9.999999999999999e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0079  small GTP-binding protein  54.53 
 
 		 523 aa  579  1e-164  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.125969  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4207  peptide chain release factor 3  53.64 
 
 		 544 aa  573  1.0000000000000001e-162  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0348722 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5645  peptide chain release factor 3  51.02 
 
 		 538 aa  511  1e-143  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1279  peptide chain release factor 3  46.31 
 
 		 548 aa  472  1e-132  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07201  peptide chain release factor 3  44.44 
 
 		 555 aa  461  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.577625  normal  0.0107792 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0095  peptide chain release factor 3  44.44 
 
 		 555 aa  461  9.999999999999999e-129  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2904  peptide chain release factor 3  43.95 
 
 		 542 aa  459  9.999999999999999e-129  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.835611  normal  0.0349958 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07361  peptide chain release factor 3  44.84 
 
 		 545 aa  458  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.301095  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1198  peptide chain release factor 3  46.49 
 
 		 548 aa  455  1.0000000000000001e-126  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.18444  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2365  peptide chain release factor 3  45.05 
 
 		 556 aa  453  1.0000000000000001e-126  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.100255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1843  peptide chain release factor 3  44.89 
 
 		 540 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07731  peptide chain release factor 3  43.83 
 
 		 555 aa  450  1e-125  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  48.35 
 
 		 533 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1999  peptide chain release factor 3  45.66 
 
 		 539 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07181  peptide chain release factor 3  44.34 
 
 		 545 aa  447  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.55147  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6925  peptide chain release factor 3  48.15 
 
 		 533 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.209121  normal  0.303865 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2024  peptide chain release factor 3  45.4 
 
 		 539 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.89178 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07161  peptide chain release factor 3  43.78 
 
 		 545 aa  443  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.651427  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3298  peptide chain release factor 3  43.1 
 
 		 540 aa  441  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.453885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4549  peptide chain release factor 3  43.35 
 
 		 563 aa  436  1e-121  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0663  peptide chain release factor 3  43.89 
 
 		 545 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.635496  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4287  peptide chain release factor 3  47.23 
 
 		 533 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0780  peptide chain release factor 3  44.44 
 
 		 543 aa  433  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.474397  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14191  peptide chain release factor 3  45.28 
 
 		 571 aa  433  1e-120  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1056  peptide chain release factor 3  43.45 
 
 		 542 aa  435  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448459 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1704  peptide chain release factor 3  45.66 
 
 		 542 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.552912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  44.49 
 
 		 528 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  43.81 
 
 		 528 aa  426  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_27956  predicted protein  43.65 
 
 		 634 aa  424  1e-117  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1492  peptide chain release factor 3  43.73 
 
 		 567 aa  425  1e-117  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  44.26 
 
 		 535 aa  421  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0140  peptide chain release factor 3  43.37 
 
 		 503 aa  420  1e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0609  peptide chain release factor 3  42.29 
 
 		 520 aa  418  9.999999999999999e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00905219  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1351  peptide chain release factor 3  42.83 
 
 		 525 aa  417  9.999999999999999e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000276996  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1018  peptide chain release factor 3  42.29 
 
 		 520 aa  418  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0165348  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1037  peptide chain release factor 3  42.29 
 
 		 520 aa  418  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00273811  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0395  peptide chain release factor 3  42.19 
 
 		 523 aa  416  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.118943  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1434  peptide chain release factor 3  41.19 
 
 		 539 aa  415  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0157478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  41.64 
 
 		 531 aa  415  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2700  peptide chain release factor 3  41.85 
 
 		 583 aa  413  1e-114  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.865718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  43.17 
 
 		 535 aa  415  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  44.15 
 
 		 538 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1267  peptide chain release factor 3  40.64 
 
 		 504 aa  414  1e-114  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.551841  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  43.31 
 
 		 533 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0328  peptide chain release factor 3  41.15 
 
 		 533 aa  409  1e-113  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3219  peptide chain release factor 3  44.15 
 
 		 538 aa  410  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.76683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  42.21 
 
 		 524 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  43.13 
 
 		 529 aa  410  1e-113  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  42.42 
 
 		 528 aa  409  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  43.24 
 
 		 527 aa  410  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  44.31 
 
 		 547 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0398  peptide chain release factor 3  41.74 
 
 		 532 aa  409  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  43.05 
 
 		 529 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  42.5 
 
 		 526 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  43.5 
 
 		 528 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1764  peptide chain release factor 3  43.98 
 
 		 541 aa  406  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  42.58 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  43.66 
 
 		 527 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1844  peptide chain release factor 3  43.42 
 
 		 541 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  41.51 
 
 		 530 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  43.27 
 
 		 536 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  42.45 
 
 		 528 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  41.21 
 
 		 527 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1365  peptide chain release factor 3  41.42 
 
 		 522 aa  408  1.0000000000000001e-112  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000156295  hitchhiker  0.000000502816 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1532  peptide chain release factor 3  43.37 
 
 		 514 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  43.06 
 
 		 529 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  43.33 
 
 		 531 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  42.38 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  40.64 
 
 		 527 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  42.75 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  42.38 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  43.16 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  42.38 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0792  peptide chain release factor 3  42.86 
 
 		 527 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  41.29 
 
 		 524 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  43.43 
 
 		 526 aa  403  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  43.39 
 
 		 526 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  42.38 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  42.75 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  42.58 
 
 		 529 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>