More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3858 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1754  peptide chain release factor 3  67.4 
 
 		 506 aa  727    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.275542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2036  peptide chain release factor 3  68.25 
 
 		 507 aa  738    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3282  peptide chain release factor 3  66.54 
 
 		 547 aa  686    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.600157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  61.03 
 
 		 543 aa  657    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4287  peptide chain release factor 3  66.73 
 
 		 533 aa  740    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6925  peptide chain release factor 3  65.41 
 
 		 533 aa  719    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.209121  normal  0.303865 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  71.16 
 
 		 535 aa  791    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0617  peptide chain release factor 3  62.9 
 
 		 541 aa  679    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3219  peptide chain release factor 3  70.92 
 
 		 538 aa  790    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.76683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5926  peptide chain release factor 3  61.58 
 
 		 565 aa  673    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0645  peptide chain release factor 3  63.64 
 
 		 543 aa  692    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 547 aa  1120    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  70.73 
 
 		 538 aa  789    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  65.35 
 
 		 533 aa  720    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0596  peptide chain release factor 3  62.9 
 
 		 541 aa  679    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4686  peptide chain release factor 3  64.06 
 
 		 542 aa  700    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  57.92 
 
 		 535 aa  643    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4062  peptide chain release factor 3  64.78 
 
 		 542 aa  699    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0657  peptide chain release factor 3  63.65 
 
 		 540 aa  683    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  56.16 
 
 		 542 aa  631  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  57.44 
 
 		 533 aa  625  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  57.55 
 
 		 539 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  57.55 
 
 		 539 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  57.47 
 
 		 531 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  57.47 
 
 		 531 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  57.33 
 
 		 524 aa  620  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  56.38 
 
 		 524 aa  617  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  56.87 
 
 		 530 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  56.32 
 
 		 524 aa  616  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  56.08 
 
 		 526 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  55.99 
 
 		 533 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  54.14 
 
 		 531 aa  593  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  54.44 
 
 		 530 aa  589  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  55.41 
 
 		 536 aa  588  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  52.48 
 
 		 524 aa  587  1e-166  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  56.19 
 
 		 526 aa  587  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  52.76 
 
 		 525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  55.05 
 
 		 527 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  55.07 
 
 		 531 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  54.23 
 
 		 534 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  52.76 
 
 		 525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  54.18 
 
 		 535 aa  581  1e-164  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  54.23 
 
 		 534 aa  580  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  55.24 
 
 		 526 aa  580  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  52.67 
 
 		 526 aa  579  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 529 aa  577  1.0000000000000001e-163  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  52.65 
 
 		 531 aa  576  1.0000000000000001e-163  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  53.9 
 
 		 527 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  52.17 
 
 		 534 aa  576  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  53.63 
 
 		 526 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  52.37 
 
 		 534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4579  peptide chain release factor 3  52.59 
 
 		 527 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  52.28 
 
 		 526 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  52.09 
 
 		 526 aa  573  1.0000000000000001e-162  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4253  peptide chain release factor 3  52.4 
 
 		 527 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.995333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0807  peptide chain release factor 3  52.02 
 
 		 527 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.986611  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0792  peptide chain release factor 3  52.98 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  53.63 
 
 		 529 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  51.33 
 
 		 529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 527 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  52.59 
 
 		 527 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  51.7 
 
 		 529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  55.43 
 
 		 527 aa  569  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  52.96 
 
 		 528 aa  568  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4306  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 527 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.546945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  52 
 
 		 531 aa  569  1e-161  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  51.93 
 
 		 527 aa  568  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  50.92 
 
 		 537 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0422  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 531 aa  568  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  51.89 
 
 		 529 aa  571  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12250  peptide chain release factor 3  52.78 
 
 		 527 aa  570  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  50.66 
 
 		 529 aa  570  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  51.04 
 
 		 531 aa  568  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0872  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 527 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0916  peptide chain release factor 3  52.02 
 
 		 527 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0920838  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0380  peptide chain release factor 3  51.52 
 
 		 531 aa  565  1e-160  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.864644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  51.15 
 
 		 528 aa  566  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  51.72 
 
 		 529 aa  567  1e-160  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  54.51 
 
 		 528 aa  565  1e-160  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2372  peptide chain release factor 3  54.55 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  51.04 
 
 		 529 aa  565  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  52.65 
 
 		 530 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  53.8 
 
 		 528 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>