More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5926 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3282  peptide chain release factor 3  71.3 
 
 		 547 aa  764    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.600157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6925  peptide chain release factor 3  58.95 
 
 		 533 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.209121  normal  0.303865 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4287  peptide chain release factor 3  59.32 
 
 		 533 aa  655    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5926  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 565 aa  1174    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0617  peptide chain release factor 3  95.73 
 
 		 541 aa  1083    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4062  peptide chain release factor 3  90.35 
 
 		 542 aa  1018    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  60.11 
 
 		 535 aa  654    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0657  peptide chain release factor 3  87.92 
 
 		 540 aa  986    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0645  peptide chain release factor 3  86.67 
 
 		 543 aa  978    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0596  peptide chain release factor 3  95.73 
 
 		 541 aa  1080    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  62.22 
 
 		 538 aa  696    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  58.95 
 
 		 533 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4686  peptide chain release factor 3  86.09 
 
 		 542 aa  974    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3219  peptide chain release factor 3  61.94 
 
 		 538 aa  683    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.76683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  61.58 
 
 		 547 aa  673    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  57.49 
 
 		 539 aa  625  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  57.49 
 
 		 539 aa  625  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2036  peptide chain release factor 3  56.67 
 
 		 507 aa  614  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  55.7 
 
 		 543 aa  614  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1754  peptide chain release factor 3  55.8 
 
 		 506 aa  605  9.999999999999999e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.275542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  54.43 
 
 		 524 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  55.39 
 
 		 535 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  55.01 
 
 		 542 aa  599  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  54.65 
 
 		 526 aa  593  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  53.1 
 
 		 531 aa  589  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  54.99 
 
 		 534 aa  591  1e-167  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  53 
 
 		 536 aa  589  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  54.99 
 
 		 534 aa  590  1e-167  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  53.11 
 
 		 526 aa  586  1e-166  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  53.38 
 
 		 528 aa  587  1e-166  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  54.36 
 
 		 524 aa  585  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  52.92 
 
 		 526 aa  583  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0792  peptide chain release factor 3  53.02 
 
 		 527 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  52.08 
 
 		 527 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4306  peptide chain release factor 3  53.02 
 
 		 527 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.546945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  52.08 
 
 		 527 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  53.2 
 
 		 534 aa  579  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0872  peptide chain release factor 3  52.83 
 
 		 527 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0807  peptide chain release factor 3  52.45 
 
 		 527 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.986611  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  52.16 
 
 		 525 aa  575  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0916  peptide chain release factor 3  52.64 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0920838  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0902  peptide chain release factor 3  52.13 
 
 		 541 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.779467  normal  0.296207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  52.07 
 
 		 529 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  52.16 
 
 		 525 aa  575  1.0000000000000001e-163  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1111  peptide chain release factor 3  53.44 
 
 		 526 aa  572  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  53.11 
 
 		 534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  575  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4579  peptide chain release factor 3  52.45 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4253  peptide chain release factor 3  52.26 
 
 		 527 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.995333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  53.58 
 
 		 524 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  51.32 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  51.32 
 
 		 529 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  52.07 
 
 		 529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  575  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  575  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  51.5 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  51.32 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  51.88 
 
 		 526 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  51.5 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02787  peptide chain release factor 3  52.17 
 
 		 529 aa  568  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  52.47 
 
 		 531 aa  568  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1358  peptide chain release factor 3  51.7 
 
 		 528 aa  569  1e-161  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  568  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  51.88 
 
 		 529 aa  569  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0806  peptide chain release factor 3  52.38 
 
 		 528 aa  569  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794725  hitchhiker  0.00323143 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 528 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  51.31 
 
 		 530 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  50.94 
 
 		 529 aa  568  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  51.31 
 
 		 531 aa  565  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  51.61 
 
 		 526 aa  565  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 529 aa  567  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12250  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 527 aa  563  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882878  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  51.32 
 
 		 528 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  50.56 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  51.23 
 
 		 526 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2827  peptide chain release factor 3  50.95 
 
 		 526 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333993  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  52.97 
 
 		 530 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  53.13 
 
 		 531 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3232  peptide chain release factor 3  51.14 
 
 		 526 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110977  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1135  peptide chain release factor 3  51.33 
 
 		 526 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000115855  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  53.22 
 
 		 528 aa  565  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  50.75 
 
 		 529 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3235  peptide chain release factor 3  51.14 
 
 		 523 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.458258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3371  peptide chain release factor 3  51.14 
 
 		 523 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0198312  hitchhiker  0.00795059 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  52.08 
 
 		 528 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  52.5 
 
 		 533 aa  560  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3053  peptide chain release factor 3  50.47 
 
 		 526 aa  561  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00432214  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1037  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 526 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  unclonable  0.000000000176372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2820  peptide chain release factor 3  50.66 
 
 		 526 aa  559  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0200081  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  50.94 
 
 		 527 aa  555  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  51.14 
 
 		 526 aa  557  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  51.61 
 
 		 527 aa  555  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>