More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3808 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3282  peptide chain release factor 3  65 
 
 		 547 aa  684    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.600157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6925  peptide chain release factor 3  66.35 
 
 		 533 aa  751    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.209121  normal  0.303865 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0657  peptide chain release factor 3  64.11 
 
 		 540 aa  694    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3219  peptide chain release factor 3  94.42 
 
 		 538 aa  1048    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.76683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  59.89 
 
 		 524 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2036  peptide chain release factor 3  67.52 
 
 		 507 aa  728    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  70.73 
 
 		 547 aa  789    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  59.77 
 
 		 543 aa  646    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  59.17 
 
 		 542 aa  649    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  71.99 
 
 		 535 aa  804    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4062  peptide chain release factor 3  63.57 
 
 		 542 aa  702    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5926  peptide chain release factor 3  62.22 
 
 		 565 aa  696    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0645  peptide chain release factor 3  64.22 
 
 		 543 aa  707    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4287  peptide chain release factor 3  65.97 
 
 		 533 aa  751    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  58.59 
 
 		 524 aa  635    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 538 aa  1101    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  66.54 
 
 		 533 aa  753    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0617  peptide chain release factor 3  63.31 
 
 		 541 aa  699    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4686  peptide chain release factor 3  64.11 
 
 		 542 aa  713    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1754  peptide chain release factor 3  66.87 
 
 		 506 aa  716    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.275542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0596  peptide chain release factor 3  63.31 
 
 		 541 aa  701    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  59.05 
 
 		 535 aa  634  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 539 aa  634  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 539 aa  634  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  57.55 
 
 		 530 aa  624  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  56.79 
 
 		 525 aa  621  1e-176  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  56.79 
 
 		 525 aa  621  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  55.22 
 
 		 531 aa  618  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  57.09 
 
 		 531 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  57.09 
 
 		 531 aa  618  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  56.76 
 
 		 524 aa  616  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  56.52 
 
 		 533 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  57.04 
 
 		 533 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  55.94 
 
 		 530 aa  612  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  55.05 
 
 		 526 aa  605  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  55.24 
 
 		 526 aa  608  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  54.53 
 
 		 531 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 526 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  54.51 
 
 		 528 aa  603  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  54.75 
 
 		 529 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4306  peptide chain release factor 3  54.86 
 
 		 527 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.546945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  56.32 
 
 		 527 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  54.42 
 
 		 524 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  54.84 
 
 		 529 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0792  peptide chain release factor 3  55.05 
 
 		 527 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  56.54 
 
 		 531 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  54.67 
 
 		 527 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  54.21 
 
 		 529 aa  602  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  56.31 
 
 		 528 aa  601  1.0000000000000001e-171  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4579  peptide chain release factor 3  54.29 
 
 		 527 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4253  peptide chain release factor 3  54.48 
 
 		 527 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.995333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  55.03 
 
 		 534 aa  599  1e-170  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  53.99 
 
 		 529 aa  601  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  54.48 
 
 		 536 aa  599  1e-170  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  55.03 
 
 		 534 aa  598  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12250  peptide chain release factor 3  55.05 
 
 		 527 aa  601  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0872  peptide chain release factor 3  54.67 
 
 		 527 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  54.79 
 
 		 526 aa  597  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  53.99 
 
 		 529 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0807  peptide chain release factor 3  54.1 
 
 		 527 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.986611  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  54.18 
 
 		 529 aa  597  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  53.99 
 
 		 529 aa  595  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  54.29 
 
 		 527 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  54.6 
 
 		 526 aa  595  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0902  peptide chain release factor 3  54.67 
 
 		 541 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.779467  normal  0.296207 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  55.09 
 
 		 529 aa  597  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  53.99 
 
 		 529 aa  596  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0916  peptide chain release factor 3  54.67 
 
 		 527 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0920838  normal  0.271742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  592  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  55.36 
 
 		 526 aa  594  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  592  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  55.47 
 
 		 528 aa  594  1e-168  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  52.87 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  52.87 
 
 		 529 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  53.61 
 
 		 529 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  54.27 
 
 		 535 aa  593  1e-168  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 529 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 529 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 529 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 529 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 529 aa  591  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  54.15 
 
 		 528 aa  591  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  53.92 
 
 		 526 aa  587  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0551  peptide chain release factor 3  52.56 
 
 		 529 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  52.77 
 
 		 526 aa  585  1e-166  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  53.58 
 
 		 534 aa  587  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  54.77 
 
 		 527 aa  587  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  53.83 
 
 		 526 aa  583  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  54.21 
 
 		 527 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  53.92 
 
 		 528 aa  580  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  53.61 
 
 		 534 aa  580  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  53.23 
 
 		 528 aa  579  1e-164  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2820  peptide chain release factor 3  52.88 
 
 		 526 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0200081  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1021  peptide chain release factor 3  53.17 
 
 		 527 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000101004  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0806  peptide chain release factor 3  52.47 
 
 		 528 aa  575  1.0000000000000001e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794725  hitchhiker  0.00323143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>