More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1442 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1442  aminotransferase, class V  100 
 
 		 409 aa  840    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.259917  normal  0.109823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0814  aminotransferase, class V  65.44 
 
 		 437 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0816  aminotransferase, class V  70.02 
 
 		 412 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2142  NifS-related protein  69.53 
 
 		 412 aa  541  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141685  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28070  cysteine desulfurase-like protein  54.93 
 
 		 442 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.622503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1436  aminotransferase class V  53.69 
 
 		 411 aa  427  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4526  Cysteine desulfurase  43.3 
 
 		 412 aa  282  6.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.110932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2982  cysteine desulfurase family protein  38.65 
 
 		 425 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.234076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2971  cysteine desulfurase family protein  31.3 
 
 		 410 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000129059  hitchhiker  0.0000905656 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3113  cysteine desulfurase family protein  31.31 
 
 		 415 aa  192  7e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000139968  hitchhiker  0.00618461 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1826  cysteine desulphurase-like protein  30.4 
 
 		 457 aa  192  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1261  cysteine desulphurase-like protein  33.66 
 
 		 397 aa  190  2.9999999999999997e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.666075  normal  0.478253 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4166  cysteine desulphurase-like protein  29.17 
 
 		 418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.744365  normal  0.275915 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3645  cysteine desulfurase family protein  28.1 
 
 		 451 aa  177  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1449  cysteine desulfurase family protein  28.95 
 
 		 414 aa  176  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0343  cysteine desulfurase family protein  29.57 
 
 		 398 aa  172  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.394645  normal  0.251773 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1728  cysteine desulfurase family protein  30.15 
 
 		 410 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0576314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3869  cysteine desulfurase family protein  31.19 
 
 		 409 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003742  cysteine desulfurase  29.83 
 
 		 411 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.180127  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1769  cysteine desulfurase family protein  31.16 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4945  cysteine desulfurase family protein  31.95 
 
 		 400 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02028  hypothetical protein  29.16 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3807  cysteine desulfurase family protein  31.27 
 
 		 399 aa  151  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0805  aminotransferase, class V  29.71 
 
 		 416 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1455  cysteine desulfurase family protein  28.95 
 
 		 419 aa  150  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000306553  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1756  cysteine desulfurase family protein  31.36 
 
 		 403 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.115577  normal  0.0371464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4075  cysteine desulfurase family protein  30.12 
 
 		 400 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000488918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  30.68 
 
 		 406 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.59 
 
 		 429 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.11 
 
 		 413 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  30.59 
 
 		 429 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1983  cysteine desulfurase  28.57 
 
 		 424 aa  142  9e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1851  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.91 
 
 		 406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00184689  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0934  cysteine desulfurase family protein  31.07 
 
 		 395 aa  142  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  31.46 
 
 		 429 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2590  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.91 
 
 		 406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.17 
 
 		 408 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1745  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.44 
 
 		 406 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000031207  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0289  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.1 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2959  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.64 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  28 
 
 		 404 aa  134  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2267  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.88 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.53875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2336  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.98 
 
 		 435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.828775 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2446  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  29.18 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854402  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2142  cysteine desulfurase family protein  32.35 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.528034  normal  0.0416996 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0879  NifS-related protein, putative aminotransferase  27.85 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35946  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16160  cysteine desulfurase  26.68 
 
 		 429 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  28.94 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2329  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.65 
 
 		 409 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2314  cysteine desulfurase SufS subfamily  30.62 
 
 		 414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.828049 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2890  cysteine desulphurase-like protein  29.45 
 
 		 421 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.74738  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  26 
 
 		 404 aa  126  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0409  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.04 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5150  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.01 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1698  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.74 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00263306  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.5 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  29.31 
 
 		 673 aa  123  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1968  cysteine desulfurase  27.19 
 
 		 421 aa  123  6e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.187156 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1228  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.24 
 
 		 415 aa  123  7e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2089  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.88 
 
 		 441 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1664  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.5 
 
 		 442 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2269  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.6 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216373  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0859  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.48 
 
 		 403 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1762  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.76 
 
 		 572 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0289  cysteine desulfurase family protein  28.68 
 
 		 407 aa  121  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1242  cysteine desulfurase, SufS subfamily  25.76 
 
 		 414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.473312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  35.65 
 
 		 419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04465  selenocysteine lyase  26.93 
 
 		 412 aa  120  4.9999999999999996e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1764  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  27.93 
 
 		 406 aa  120  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000868369  hitchhiker  0.0000289207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3484  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.66 
 
 		 442 aa  120  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.615799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1896  aminotransferase, class V  25.65 
 
 		 404 aa  120  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.29 
 
 		 412 aa  119  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0949  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.12 
 
 		 412 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.286124  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1527  cysteine sulfinate desulfinase  28.24 
 
 		 401 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.937729  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.64 
 
 		 672 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0228689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1338  cysteine desulfurase, SufS subfamily  28.64 
 
 		 674 aa  119  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.986463 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  27.71 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1195  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27.93 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.542201  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3128  cysteine desulfurase family protein  30.4 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000597393  normal  0.0761383 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.71 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.24 
 
 		 404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01360  Selenocysteine lyase/Cysteine desulfurase  26.3 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0772728  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  28.43 
 
 		 688 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0710  SufS subfamily cysteine desulfurase  29.41 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.548374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0995  hypothetical protein  25.71 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.37 
 
 		 644 aa  118  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1335  aminotransferase, class V  27.66 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.11336 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5983  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.48 
 
 		 419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.593517  normal  0.0658023 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1347  SufS subfamily cysteine desulfurase  27 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  hitchhiker  0.000000000139909 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.64 
 
 		 664 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  28.5 
 
 		 430 aa  117  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  32.52 
 
 		 404 aa  117  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12890  cysteine desulfurase  27.21 
 
 		 422 aa  117  5e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.53 
 
 		 444 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2068  cysteine desulfurase, SufS subfamily  26.16 
 
 		 443 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.512945  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0166  cysteine desulfurase  30.87 
 
 		 408 aa  116  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3306  SufS subfamily cysteine desulfurase  26.33 
 
 		 434 aa  116  8.999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.74 
 
 		 605 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  28.47 
 
 		 608 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.87 
 
 		 420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>