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for query gene TM1040_1348 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1348  major facilitator transporter  100 
 
 
407 aa  794    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1559  major facilitator superfamily transporter  55.16 
 
 
402 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.418069  normal  0.23279 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2851  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  55.81 
 
 
405 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.724054  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1442  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  55.81 
 
 
405 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0246782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1501  major facilitator transporter  57.11 
 
 
405 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0331967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  49.75 
 
 
405 aa  371  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360093  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1778  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  51.28 
 
 
404 aa  349  6e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.660768 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.27 
 
 
413 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.782592  normal  0.504854 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0688  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.44 
 
 
398 aa  271  2e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.593679 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3362  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.21 
 
 
405 aa  263  3e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.241242 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6060  Bcr/CflA family drug resistance transporter  36.57 
 
 
414 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4258  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.48 
 
 
410 aa  259  8e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1929  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  38.29 
 
 
422 aa  254  3e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00455399  hitchhiker  0.000000256479 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2645  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.68 
 
 
420 aa  251  2e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  38.54 
 
 
401 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04022  bicyclomycin resistance protein  35.94 
 
 
416 aa  245  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10238  bicyclomycin resistance protein  33.84 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.105225  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1940  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  38.21 
 
 
415 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00164686  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2242  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.87 
 
 
430 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.187977  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4899  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.38 
 
 
422 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.44 
 
 
421 aa  234  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2392  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.45 
 
 
421 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1935  MFS permease  36.87 
 
 
401 aa  232  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0826  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.19 
 
 
421 aa  229  8e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.75 
 
 
428 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0797975  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2151  major facilitator superfamily MFS_1  34.52 
 
 
426 aa  223  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1941  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.46 
 
 
426 aa  222  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198453  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4100  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.65 
 
 
414 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256573 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1510  major facilitator transporter  34.64 
 
 
437 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  0.740709 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2971  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.32 
 
 
410 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1509  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.72 
 
 
412 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.348648  normal  0.383449 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4830  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.93 
 
 
418 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1106  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.51 
 
 
445 aa  211  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.132258  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0080  major facilitator transporter  34.01 
 
 
423 aa  210  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1272  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.6 
 
 
415 aa  210  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.313139  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2134  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
430 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.352215 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3420  major facilitator transporter  33.76 
 
 
425 aa  203  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0152317  normal  0.778577 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3729  major facilitator superfamily MFS_1  34.39 
 
 
461 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.467675  normal  0.205198 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1823  major facilitator superfamily MFS_1  38.92 
 
 
397 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.536913 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3613  major facilitator superfamily MFS_1  33.76 
 
 
388 aa  195  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.389227  normal  0.058593 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0753  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.25 
 
 
411 aa  194  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.514561 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0866  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.32 
 
 
417 aa  186  5e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.527312  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2385  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.69 
 
 
414 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.226188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1509  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 
397 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.426871 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.94 
 
 
425 aa  160  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.96 
 
 
405 aa  156  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.35 
 
 
405 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.7 
 
 
405 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.35 
 
 
458 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.35 
 
 
405 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.7 
 
 
434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.21 
 
 
393 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.57 
 
 
405 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.65 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.63 
 
 
396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3888  major facilitator transporter  28.98 
 
 
394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0648184  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.29 
 
 
406 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.29 
 
 
412 aa  145  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.54 
 
 
399 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.54 
 
 
401 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.33 
 
 
400 aa  144  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.39 
 
 
399 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.48 
 
 
399 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 
402 aa  144  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.03 
 
 
412 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.42 
 
 
405 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.99 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3365  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.53 
 
 
436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.139638  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.81 
 
 
396 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.81 
 
 
396 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1775  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.16 
 
 
403 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394194  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.27 
 
 
424 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.54 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.74 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.74 
 
 
396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.74 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.74 
 
 
396 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.74 
 
 
396 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
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NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.69 
 
 
394 aa  133  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
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NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.46 
 
 
398 aa  133  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 
396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
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NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.54 
 
 
408 aa  133  6e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.32 
 
 
401 aa  133  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.55 
 
 
399 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.54 
 
 
396 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  29.32 
 
 
404 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  33.33 
 
 
414 aa  130  6e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  28.61 
 
 
395 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
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NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.12 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_002080  putative multidrug resistance protein  30.63 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013512  Sdel_0012  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.43 
 
 
395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.502887  n/a   
 
 
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NC_013172  Bfae_01910  arabinose efflux permease family protein  29.79 
 
 
435 aa  127  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A2445  putative multidrug resistance protein  29.72 
 
 
400 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.19 
 
 
412 aa  126  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
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NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.99 
 
 
403 aa  126  9e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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