More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2742 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2742  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 269 aa  548  1e-155  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0873278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0372  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  62.64 
 
 		 267 aa  355  3.9999999999999996e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2538  integrase family protein  29.57 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 294 aa  90.1  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  25.27 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  35.37 
 
 		 302 aa  89.4  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.41 
 
 		 298 aa  88.6  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  25.82 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  28.21 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  28.06 
 
 		 305 aa  85.5  8e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1820  phage integrase family protein  26.62 
 
 		 283 aa  85.5  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.111306  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  29.24 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  37.16 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2439  integrase family protein  27.56 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000285613  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.73 
 
 		 284 aa  82  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5294  integrase family protein  38 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3108  integrase family protein  26.13 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512092  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.45 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  26.89 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  34.27 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.04 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  28 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  28 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  28 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  27.01 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  30.96 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  28.4 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  34.31 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  27.76 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.93 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  31.37 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.93 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.51 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0949  phage integrase family protein  29.74 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.427827  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1780  phage integrase family protein  33.74 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000232909  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  37.5 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  35.71 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  35.04 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  34.48 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  25.91 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.85 
 
 		 298 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  25.09 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  34.48 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.17 
 
 		 300 aa  75.5  0.0000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2709  integrase family protein  32.53 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000251547  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.12 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.14 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  25.77 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.77 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  26.57 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  23.91 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.66 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.39 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.17 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  27.56 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.87 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  30.46 
 
 		 307 aa  73.6  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  29.19 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.78 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  22.41 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  29.95 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  26.01 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>