More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3188 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3188  response regulator receiver protein  100 
 
 		 208 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  38.54 
 
 		 208 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 210 aa  131  6.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 208 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 218 aa  117  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 203 aa  114  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  33.5 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6902  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.52 
 
 		 210 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173656  normal  0.571333 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.83 
 
 		 205 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.6 
 
 		 213 aa  104  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  34.18 
 
 		 204 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  31.68 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  32.47 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  29.7 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  30.2 
 
 		 205 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  34.83 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.83 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 202 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.12 
 
 		 643 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  35.79 
 
 		 211 aa  99.4  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  29.7 
 
 		 205 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 205 aa  99  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 218 aa  97.8  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  30.69 
 
 		 214 aa  97.8  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  33.17 
 
 		 210 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 209 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  33.17 
 
 		 210 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 		 212 aa  96.3  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 502 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3183  response regulator receiver protein  33.89 
 
 		 191 aa  96.3  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  28.71 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 201 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 208 aa  95.9  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 202 aa  95.9  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  33.99 
 
 		 205 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 201 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  28.06 
 
 		 203 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 774 aa  95.1  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  28.27 
 
 		 202 aa  94.7  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 202 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  36.63 
 
 		 643 aa  94  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  28.71 
 
 		 205 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 203 aa  93.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0609  two component LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 199 aa  93.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  31.84 
 
 		 205 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 201 aa  92.4  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  32.43 
 
 		 200 aa  92.4  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 210 aa  92  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  29.61 
 
 		 216 aa  92  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 213 aa  92  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  30.37 
 
 		 212 aa  92.4  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 		 209 aa  92  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02672  hypothetical protein  29.47 
 
 		 198 aa  92  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 208 aa  91.7  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 201 aa  91.3  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  32.09 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 502 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 203 aa  89.4  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 208 aa  89.4  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  27.75 
 
 		 200 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  30.57 
 
 		 200 aa  88.6  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  27.75 
 
 		 200 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.75 
 
 		 200 aa  89  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1614  two component LuxR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 221 aa  88.6  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 209 aa  88.6  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  28.5 
 
 		 208 aa  88.6  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 200 aa  88.2  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.14 
 
 		 213 aa  88.2  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1123  Fis family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 202 aa  88.6  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 207 aa  88.6  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 212 aa  88.2  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 209 aa  87.8  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  27.84 
 
 		 209 aa  87.8  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.83 
 
 		 508 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3858  two component LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0335499 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 229 aa  87.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 208 aa  87.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.23 
 
 		 208 aa  87.4  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0593  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.858162  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3732  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 206 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  87  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3675  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 		 206 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.241682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 208 aa  87  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 207 aa  87.4  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>