More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0990 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0990  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 
460 aa  943    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2728  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  66.88 
 
 
431 aa  592  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1822  transcriptional regulator  63.83 
 
 
423 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  57.14 
 
 
419 aa  483  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000432262  normal  0.978022 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0605  hypothetical protein  54.51 
 
 
426 aa  464  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1848  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.61 
 
 
419 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1203  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.25 
 
 
417 aa  441  9.999999999999999e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.477797  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0248  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  52.53 
 
 
411 aa  438  9.999999999999999e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00695  transcriptional regulator  51.74 
 
 
420 aa  423  1e-117  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.195355  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0148  sigma-54-dependent transcriptional regulator  48.91 
 
 
417 aa  404  1e-111  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.16 
 
 
442 aa  341  2e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1331  Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
415 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.373385  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.93 
 
 
383 aa  301  2e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.406887  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1886  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.76 
 
 
379 aa  293  3e-78  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1498  Fis family transcriptional regulator  39.15 
 
 
395 aa  291  1e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1702  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.6 
 
 
386 aa  291  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0294499  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0843  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.99 
 
 
398 aa  286  8e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.64 
 
 
378 aa  278  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  51.9 
 
 
341 aa  253  6e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.45 
 
 
379 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.59 
 
 
335 aa  251  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 
483 aa  250  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 
483 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.45 
 
 
349 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0447  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.78 
 
 
313 aa  249  8e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.61 
 
 
458 aa  248  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
579 aa  246  4e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.05 
 
 
350 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.21 
 
 
587 aa  246  6e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  50.65 
 
 
574 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  50.43 
 
 
623 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  49.78 
 
 
558 aa  245  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1405  two component Fis family transcriptional regulator  49.4 
 
 
477 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0781313  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 
483 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5443  two-component response regulator CbrB  49.79 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.29 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62540  two-component response regulator CbrB  49.79 
 
 
478 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.349279  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1756  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.2 
 
 
450 aa  244  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.562134  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.65 
 
 
664 aa  244  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  52.05 
 
 
657 aa  243  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1051  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.39 
 
 
688 aa  243  5e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4003  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.86 
 
 
451 aa  243  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.731384  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.43 
 
 
451 aa  243  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  46.49 
 
 
453 aa  243  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1136  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
466 aa  243  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.22 
 
 
540 aa  243  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  51.08 
 
 
471 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.7 
 
 
469 aa  242  9e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  51.08 
 
 
471 aa  242  9e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.27 
 
 
375 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.24 
 
 
495 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.27 
 
 
372 aa  242  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.12 
 
 
484 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0906  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  46.22 
 
 
487 aa  242  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000910984  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2959  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.02 
 
 
513 aa  242  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.69 
 
 
467 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  46.86 
 
 
458 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.56 
 
 
502 aa  241  2e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50 
 
 
581 aa  241  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  49.36 
 
 
348 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  48.36 
 
 
573 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.78 
 
 
648 aa  240  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1657  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.42 
 
 
456 aa  240  4e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0365007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3376  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.27 
 
 
466 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.79 
 
 
592 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  48.5 
 
 
477 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.79 
 
 
592 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
459 aa  240  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1459  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.4 
 
 
380 aa  239  5e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.808052  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
499 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.69 
 
 
560 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 
455 aa  239  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.39 
 
 
562 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2148  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.88 
 
 
503 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000181807 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3672  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  43.85 
 
 
504 aa  239  8e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0002131  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0846  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  44.63 
 
 
384 aa  239  1e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.124492  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
454 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  49.36 
 
 
592 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.39 
 
 
538 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1717  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  48.72 
 
 
570 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.336795 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.78 
 
 
604 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.4 
 
 
446 aa  238  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3833  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.57 
 
 
450 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.859471 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  51.9 
 
 
471 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  52.19 
 
 
509 aa  237  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.37 
 
 
472 aa  237  4e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  49.57 
 
 
627 aa  237  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.61 
 
 
585 aa  237  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.15 
 
 
710 aa  237  4e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.96 
 
 
459 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.99079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1635  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49 
 
 
457 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
459 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0035  NifA subfamily transcriptional regulator  46.64 
 
 
564 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3488  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  47.66 
 
 
466 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.934178  normal  0.0666939 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4752  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.7 
 
 
477 aa  236  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.102519  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1278  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 
452 aa  236  7e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.902353  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.56 
 
 
459 aa  236  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.54 
 
 
748 aa  236  7e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2606  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.55 
 
 
501 aa  236  7e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.955687 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  51.32 
 
 
518 aa  236  8e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>