More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_00695 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_00695  transcriptional regulator  100 
 
 
420 aa  854    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.195355  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1848  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  74.07 
 
 
419 aa  632  1e-180  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1203  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  72.14 
 
 
417 aa  602  1.0000000000000001e-171  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.477797  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1822  transcriptional regulator  56.78 
 
 
423 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0248  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  57.38 
 
 
411 aa  461  9.999999999999999e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.92 
 
 
419 aa  449  1e-125  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000432262  normal  0.978022 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0990  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.64 
 
 
460 aa  433  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0605  hypothetical protein  54.19 
 
 
426 aa  432  1e-120  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2728  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.19 
 
 
431 aa  433  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0148  sigma-54-dependent transcriptional regulator  52.35 
 
 
417 aa  421  1e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.82 
 
 
442 aa  354  2e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1331  Fis family transcriptional regulator  40.1 
 
 
415 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.373385  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.29 
 
 
383 aa  300  4e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.406887  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1498  Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 
395 aa  299  6e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1886  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.16 
 
 
379 aa  295  7e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1702  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.35 
 
 
386 aa  289  6e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0294499  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0843  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.1 
 
 
398 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1593  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.33 
 
 
378 aa  280  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2387  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.84 
 
 
510 aa  249  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0356  putative two component response regulator  45.9 
 
 
492 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.68 
 
 
508 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334907 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.16 
 
 
379 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2959  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.45 
 
 
513 aa  243  6e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  48.15 
 
 
453 aa  242  7e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13448  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  49.19 
 
 
442 aa  241  1e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.471352  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.2 
 
 
455 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.01 
 
 
509 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.36 
 
 
544 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  48.57 
 
 
473 aa  239  5.999999999999999e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  51.72 
 
 
471 aa  239  9e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  51.72 
 
 
471 aa  239  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  47.04 
 
 
459 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
495 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.5 
 
 
459 aa  237  4e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.78 
 
 
512 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  49.57 
 
 
376 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  49.57 
 
 
376 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5443  two-component response regulator CbrB  48.13 
 
 
477 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4695  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.99 
 
 
480 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0737  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.13 
 
 
479 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000126889 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62540  two-component response regulator CbrB  48.13 
 
 
478 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.349279  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.21 
 
 
372 aa  236  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3833  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.16 
 
 
450 aa  236  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.859471 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.86 
 
 
447 aa  236  7e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4003  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.72 
 
 
451 aa  236  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.731384  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3226  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.14 
 
 
335 aa  236  8e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  46.43 
 
 
367 aa  235  9e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.55 
 
 
464 aa  235  9e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1901  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.85 
 
 
473 aa  235  9e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0172472 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0110  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.68 
 
 
457 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.200769  normal  0.23433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.99 
 
 
480 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0365  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.56 
 
 
464 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.59 
 
 
453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.58 
 
 
454 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  47.19 
 
 
558 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2232  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
509 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0243568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.99 
 
 
480 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.39 
 
 
452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2959  Fis family transcriptional regulator  50.43 
 
 
341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.29 
 
 
451 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.33 
 
 
451 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.06 
 
 
453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.95 
 
 
457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.81 
 
 
459 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.99079  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50 
 
 
542 aa  233  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0471  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.62 
 
 
349 aa  233  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0982753 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  47.43 
 
 
473 aa  233  4.0000000000000004e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02894  polar flagellar protein FlaK  50.44 
 
 
487 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.995707  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  46.09 
 
 
439 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.37 
 
 
650 aa  233  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4808  two-component response regulator CbrB  47.72 
 
 
478 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069592  hitchhiker  0.0095877 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  48.33 
 
 
471 aa  233  5e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  47.52 
 
 
448 aa  233  5e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.08 
 
 
508 aa  233  6e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  49.15 
 
 
368 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.64 
 
 
366 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.72 
 
 
469 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1309  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.63 
 
 
327 aa  233  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  48.13 
 
 
477 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  52.4 
 
 
570 aa  232  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  45.49 
 
 
508 aa  231  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.19 
 
 
664 aa  232  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2103  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.56 
 
 
467 aa  232  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705186  normal  0.234249 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
348 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.25 
 
 
508 aa  231  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  48.13 
 
 
507 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.92 
 
 
449 aa  232  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0963  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.86 
 
 
467 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.75 
 
 
375 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  47.79 
 
 
478 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0702  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.86 
 
 
460 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2683  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.63 
 
 
549 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.272019  normal  0.67062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  48.71 
 
 
472 aa  231  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0113  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.6 
 
 
459 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.212971  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1538  response regulator receiver protein  46.94 
 
 
579 aa  231  3e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.970597  normal  0.0596632 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0259  two component signal transduction response regulator  34.12 
 
 
513 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  47.86 
 
 
367 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1717  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  46.86 
 
 
570 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.336795 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.11 
 
 
472 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1324  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 
350 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.02567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>