128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0922 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0922  ApbE family protein, putative  100 
 
 		 282 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0767638  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0957  ApbE family protein, putative  98.58 
 
 		 282 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.76647  normal  0.566735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0921  ApbE family protein, putative  98.22 
 
 		 282 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0949043  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1090  ApbE family protein, putative  79.86 
 
 		 279 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0906  ApbE family protein, putative  79.29 
 
 		 281 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00687299  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3457  ApbE family protein, putative  79.29 
 
 		 281 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3580  ApbE family protein, putative  79.29 
 
 		 281 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3383  ApbE family lipoprotein  79.29 
 
 		 281 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2657  ApbE family protein, putative  43.42 
 
 		 273 aa  208  8e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00549568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0416  ApbE-like lipoprotein  38.28 
 
 		 277 aa  172  7.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00253803  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0708  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  40.51 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314159  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1800  ApbE family lipoprotein  36.79 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000665627  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1180  ApbE-like lipoprotein  33.96 
 
 		 286 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  35.82 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  35.82 
 
 		 282 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0611  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  38.92 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1557  ApbE family lipoprotein  33.67 
 
 		 259 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1886  ApbE family lipoprotein  33.79 
 
 		 259 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00789462  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  35.14 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3433  ApbE family lipoprotein  34.43 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2601  ApbE family lipoprotein  30.84 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  28.17 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  21.76 
 
 		 339 aa  67.8  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  28.17 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  29.38 
 
 		 380 aa  66.2  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  27.78 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.18 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  26.56 
 
 		 336 aa  63.9  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  30.89 
 
 		 344 aa  62.8  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.12 
 
 		 363 aa  62.4  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  24.87 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  31.25 
 
 		 348 aa  62  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  30.16 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  26.7 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  28.89 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  28.47 
 
 		 350 aa  59.3  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  28.74 
 
 		 336 aa  59.3  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  30.43 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.65 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  28.86 
 
 		 350 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  30.43 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  30.06 
 
 		 335 aa  57  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  26.84 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  25.48 
 
 		 336 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  28.74 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1758  ApbE family lipoprotein  32.08 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  25.11 
 
 		 345 aa  55.8  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  28.48 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  26.63 
 
 		 349 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0226  ApbE family lipoprotein  33.79 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.965789  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  29.63 
 
 		 353 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  25.63 
 
 		 329 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  26.46 
 
 		 355 aa  53.9  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0609  ApbE family lipoprotein  32.73 
 
 		 316 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  24.24 
 
 		 345 aa  53.5  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  28.83 
 
 		 335 aa  52.4  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  28.22 
 
 		 366 aa  52.8  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  27.92 
 
 		 344 aa  52.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.08 
 
 		 313 aa  52.4  0.000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.19 
 
 		 337 aa  52  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  27.7 
 
 		 362 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1835  ApbE family lipoprotein  33.09 
 
 		 310 aa  52  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  28.29 
 
 		 336 aa  51.6  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  29.38 
 
 		 346 aa  51.6  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  28.95 
 
 		 345 aa  51.2  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  29.7 
 
 		 315 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  30.34 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  28.48 
 
 		 279 aa  50.4  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  23.44 
 
 		 343 aa  50.4  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  21.67 
 
 		 342 aa  50.4  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  30.41 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  31.9 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  26.83 
 
 		 323 aa  49.7  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  27.27 
 
 		 333 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  28.5 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  31.98 
 
 		 336 aa  47.4  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  27.6 
 
 		 315 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 		 304 aa  47.4  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  27 
 
 		 352 aa  47.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2592  ApbE family lipoprotein  25.86 
 
 		 302 aa  47.4  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.33 
 
 		 320 aa  47  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  27.17 
 
 		 329 aa  47  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  29.9 
 
 		 339 aa  47.4  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  24.87 
 
 		 323 aa  47  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  26.49 
 
 		 324 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  27.27 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  32.87 
 
 		 386 aa  46.6  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.8 
 
 		 349 aa  46.6  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  23.91 
 
 		 349 aa  46.2  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 347 aa  46.2  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  32.12 
 
 		 327 aa  46.2  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  24.68 
 
 		 360 aa  46.2  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  30 
 
 		 341 aa  46.2  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  26.29 
 
 		 362 aa  45.8  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  29.14 
 
 		 344 aa  45.8  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  26.21 
 
 		 343 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>