187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2657 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2657  ApbE family protein, putative  100 
 
 		 273 aa  554  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00549568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3580  ApbE family protein, putative  45 
 
 		 281 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1090  ApbE family protein, putative  44.77 
 
 		 279 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3457  ApbE family protein, putative  43.93 
 
 		 281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0906  ApbE family protein, putative  43.93 
 
 		 281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00687299  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0957  ApbE family protein, putative  43.77 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.76647  normal  0.566735 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3383  ApbE family lipoprotein  44.64 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0921  ApbE family protein, putative  43.42 
 
 		 282 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0949043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0922  ApbE family protein, putative  43.42 
 
 		 282 aa  208  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0767638  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0416  ApbE-like lipoprotein  40.48 
 
 		 277 aa  176  5e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00253803  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1800  ApbE family lipoprotein  37.87 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000665627  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  36.56 
 
 		 282 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  36.56 
 
 		 282 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1180  ApbE-like lipoprotein  34.69 
 
 		 286 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0611  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  36.57 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0708  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  36 
 
 		 287 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314159  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 277 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1557  ApbE family lipoprotein  35.41 
 
 		 259 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1886  ApbE family lipoprotein  34.57 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00789462  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  28.78 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3433  ApbE family lipoprotein  30.12 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  31.3 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  25 
 
 		 348 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  27.24 
 
 		 342 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  26.44 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2601  ApbE family lipoprotein  30.23 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  26.64 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  28.4 
 
 		 350 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  28.52 
 
 		 325 aa  72.4  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  26.77 
 
 		 353 aa  70.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  28.52 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  30.11 
 
 		 380 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  33.13 
 
 		 335 aa  68.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  27.87 
 
 		 337 aa  68.9  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  25.11 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  24.9 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1835  ApbE family lipoprotein  31.62 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.24 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  24.68 
 
 		 349 aa  66.6  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  31.69 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.62 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  30.73 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  30.73 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.63 
 
 		 357 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  29.26 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  30.73 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  28.8 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  28.32 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  24.78 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  26.05 
 
 		 343 aa  62  0.000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.01 
 
 		 363 aa  62  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  29.35 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  30.11 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  25.55 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  25.64 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  28.03 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  26.76 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.83 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  21.35 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  32.94 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  26.23 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  24.79 
 
 		 347 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  26.14 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  25.36 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  25.7 
 
 		 341 aa  55.5  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  25.78 
 
 		 330 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  24.89 
 
 		 338 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  29.84 
 
 		 346 aa  54.3  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  22.57 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  25.22 
 
 		 371 aa  53.9  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  25.63 
 
 		 342 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  26.82 
 
 		 329 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.35 
 
 		 343 aa  53.1  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  24.56 
 
 		 344 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  31.55 
 
 		 341 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 346 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 346 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  25 
 
 		 331 aa  53.1  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  25 
 
 		 345 aa  53.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  26.44 
 
 		 323 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  29.61 
 
 		 327 aa  52.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 359 aa  52.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  29.75 
 
 		 321 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  28.32 
 
 		 305 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.91 
 
 		 349 aa  52.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.49 
 
 		 367 aa  52  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  34.85 
 
 		 317 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  25.57 
 
 		 337 aa  51.6  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  25.09 
 
 		 350 aa  51.6  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  21.93 
 
 		 345 aa  51.6  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  32.37 
 
 		 345 aa  51.6  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  24.43 
 
 		 332 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.92 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  27.43 
 
 		 338 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 327 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  31.82 
 
 		 386 aa  51.6  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  28 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>