268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0708 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0708  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  100 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314159  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0611  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  46.74 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0921  ApbE family protein, putative  40.29 
 
 		 282 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0949043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0957  ApbE family protein, putative  39.93 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.76647  normal  0.566735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0922  ApbE family protein, putative  39.93 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0767638  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3433  ApbE family lipoprotein  40.07 
 
 		 287 aa  152  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1090  ApbE family protein, putative  38.81 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1180  ApbE-like lipoprotein  39.79 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0906  ApbE family protein, putative  37.22 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00687299  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3580  ApbE family protein, putative  35.36 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3457  ApbE family protein, putative  37.22 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  34.07 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  41.83 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  41.83 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3383  ApbE family lipoprotein  35 
 
 		 281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  38.83 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1800  ApbE family lipoprotein  41.94 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000665627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0416  ApbE-like lipoprotein  34.88 
 
 		 277 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00253803  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2657  ApbE family protein, putative  36 
 
 		 273 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00549568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1557  ApbE family lipoprotein  39.03 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1886  ApbE family lipoprotein  38.75 
 
 		 259 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00789462  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.35 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.62 
 
 		 343 aa  99.8  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1835  ApbE family lipoprotein  38.36 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  36.26 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  24.14 
 
 		 339 aa  90.5  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  35.93 
 
 		 335 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2601  ApbE family lipoprotein  34.87 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  33.74 
 
 		 355 aa  88.2  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  31.67 
 
 		 344 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  31.68 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  33.77 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  34.35 
 
 		 327 aa  82.8  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  35.42 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  35.42 
 
 		 365 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  27.92 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  33.94 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0427  ApbE family lipoprotein  34.24 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.127952  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  32.75 
 
 		 336 aa  79.7  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  34.1 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  33.08 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0609  ApbE family lipoprotein  35.18 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104099 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  27.17 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  33.97 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  30.27 
 
 		 349 aa  77.4  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  23.28 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  32.05 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  36.21 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  32.68 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.14 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  33.78 
 
 		 332 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  31.37 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  30.97 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  32.9 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  29.59 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  35.68 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  26.21 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  33.58 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  31.03 
 
 		 350 aa  73.6  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 320 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  31.94 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.73 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0226  ApbE family lipoprotein  34.38 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.965789  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  26.32 
 
 		 353 aa  72.4  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 331 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  25.17 
 
 		 343 aa  72  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  30.35 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  32.62 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  29.11 
 
 		 335 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  29.44 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  26.64 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  34.14 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.04 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  27.09 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.75 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2338  ApbE family lipoprotein  27.31 
 
 		 471 aa  69.7  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.82 
 
 		 361 aa  69.3  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  26.62 
 
 		 336 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  27.13 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  29.54 
 
 		 337 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  28.52 
 
 		 338 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  31.09 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  32.2 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  26.69 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  30.94 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  27.2 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0905  ApbE family lipoprotein  30.17 
 
 		 406 aa  67.8  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  32.67 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.94 
 
 		 363 aa  67.4  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  30.51 
 
 		 379 aa  67  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  32.95 
 
 		 327 aa  67  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  30.37 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.36 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  23.89 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  36.7 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  26.25 
 
 		 366 aa  65.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3187  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  31.01 
 
 		 365 aa  65.5  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  0.981913 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  29.25 
 
 		 275 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>