More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3437 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
327 aa  649    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  98.47 
 
 
327 aa  634    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  50.77 
 
 
325 aa  296  4e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  50.77 
 
 
325 aa  295  6e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  52.46 
 
 
305 aa  269  4e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  51.31 
 
 
335 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3291  ApbE family lipoprotein  50.95 
 
 
330 aa  262  6.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238915  normal  0.298446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  47.54 
 
 
321 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  50.68 
 
 
320 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  43.55 
 
 
365 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  50.33 
 
 
315 aa  255  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  44.91 
 
 
329 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  45.37 
 
 
327 aa  235  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  44.88 
 
 
337 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  43.62 
 
 
335 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  40.58 
 
 
350 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  43.49 
 
 
362 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  40.62 
 
 
338 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  43.95 
 
 
345 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  42.37 
 
 
340 aa  202  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0494  ApbE family protein  39.42 
 
 
394 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1982  ApbE family protein  39.42 
 
 
394 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.63389  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  37.78 
 
 
343 aa  198  7.999999999999999e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  40.38 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  37.7 
 
 
341 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  38.08 
 
 
355 aa  195  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  40.91 
 
 
326 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  43.05 
 
 
331 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  37.5 
 
 
349 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2079  ApbE family protein  38.52 
 
 
394 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  35.24 
 
 
370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.38 
 
 
343 aa  189  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  34.73 
 
 
338 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  41.42 
 
 
326 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.86 
 
 
367 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  36.86 
 
 
342 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0780  ApbE family protein  51.58 
 
 
404 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.725216  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0677  ApbE family protein  51.58 
 
 
404 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.385018  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1630  ApbE family protein  51.58 
 
 
404 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0565  ApbE family protein  51.58 
 
 
404 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.53612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  35.46 
 
 
338 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  36.13 
 
 
338 aa  185  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  42.25 
 
 
341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.33 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  44.12 
 
 
323 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  34.97 
 
 
374 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  35.2 
 
 
374 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  35.69 
 
 
342 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  34.27 
 
 
337 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.04 
 
 
337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  35.37 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.02 
 
 
334 aa  180  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  40.71 
 
 
348 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  32.39 
 
 
344 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.31 
 
 
347 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  34.64 
 
 
374 aa  179  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  33.55 
 
 
337 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.08 
 
 
350 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  36.13 
 
 
341 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  34.85 
 
 
341 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0660  ApbE-like lipoprotein  39.41 
 
 
800 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.121438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  33.66 
 
 
338 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  34.74 
 
 
343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.6 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  30.65 
 
 
352 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
348 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
348 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
348 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  31.53 
 
 
379 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
348 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
359 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.76 
 
 
331 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  33.76 
 
 
345 aa  172  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0427  ApbE family lipoprotein  42.61 
 
 
287 aa  169  6e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.127952  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  35.31 
 
 
338 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.84 
 
 
345 aa  163  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  34.32 
 
 
332 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  34.19 
 
 
344 aa  162  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  33.88 
 
 
332 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 
349 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.06 
 
 
361 aa  159  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.75 
 
 
350 aa  159  9e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.75 
 
 
350 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.43 
 
 
350 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.43 
 
 
350 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.43 
 
 
350 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.9 
 
 
343 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.57 
 
 
349 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.12 
 
 
348 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  25.87 
 
 
354 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  29.05 
 
 
341 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.89 
 
 
348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.3 
 
 
351 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.97 
 
 
351 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.07 
 
 
351 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  28.75 
 
 
351 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  28.75 
 
 
351 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  28.75 
 
 
351 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  28.22 
 
 
334 aa  143  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>