More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_2785 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_2785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
188 aa  367  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.228174  decreased coverage  0.00013029 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2587  sigma-70, region 4 type 2  87.63 
 
 
216 aa  309  1e-83  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2773  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  61.93 
 
 
192 aa  184  7e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0843729  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12105  RNA polymerase sigma factor SigC  53.45 
 
 
311 aa  152  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0244579  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3479  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  51.72 
 
 
200 aa  152  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0164262  hitchhiker  0.00700912 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.37 
 
 
192 aa  147  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1273  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  60.38 
 
 
182 aa  144  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.66 
 
 
274 aa  144  9e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.3 
 
 
199 aa  105  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.72 
 
 
199 aa  102  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.29 
 
 
192 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.82 
 
 
198 aa  102  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
199 aa  101  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.43 
 
 
199 aa  101  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.92 
 
 
199 aa  101  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
192 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
205 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.96 
 
 
205 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.14 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2791  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.15 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00850329  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.67 
 
 
199 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  39.02 
 
 
191 aa  99  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.67 
 
 
200 aa  98.2  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.73 
 
 
199 aa  98.2  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.5 
 
 
199 aa  97.8  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.92 
 
 
392 aa  97.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.58 
 
 
208 aa  97.1  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  37.58 
 
 
208 aa  97.1  1e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1771  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.96 
 
 
197 aa  97.1  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000506111  hitchhiker  0.000648476 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.06 
 
 
194 aa  96.3  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.55 
 
 
192 aa  95.9  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
199 aa  95.5  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.09 
 
 
190 aa  95.5  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3144  sigma-24 (FecI-like)  38.56 
 
 
187 aa  95.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.283984  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.76 
 
 
191 aa  95.1  6e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.12 
 
 
191 aa  95.1  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.16 
 
 
192 aa  94.4  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.35 
 
 
181 aa  94.4  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.33 
 
 
192 aa  94.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.29 
 
 
192 aa  92.8  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.26 
 
 
193 aa  92  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  92  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  92  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  92  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.52 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  36.52 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.94 
 
 
192 aa  91.3  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
208 aa  90.9  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3676  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  90.9  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302795  normal  0.408035 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.32 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.16 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.94 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.39 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1198  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000152256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.58 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.39 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.75 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.84 
 
 
195 aa  89.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.93 
 
 
215 aa  90.1  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
224 aa  89.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3077  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0022477  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.39 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.39 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.83 
 
 
193 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.28 
 
 
206 aa  89.4  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.94 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.09 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.09 
 
 
206 aa  89  4e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.67 
 
 
193 aa  89  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  89  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3643  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.42 
 
 
211 aa  88.6  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.145973  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.36 
 
 
205 aa  88.6  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  35.67 
 
 
201 aa  88.6  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.53 
 
 
191 aa  88.2  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>